More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_1546 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_1546  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  634    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0468693  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4083  LysR family transcriptional regulator  62.3 
 
 		 315 aa  395  1e-109  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4869  LysR family transcriptional regulator  45.73 
 
 		 310 aa  250  2e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0265768  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0715  LysR family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 321 aa  202  7e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1542  LysR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 296 aa  198  7.999999999999999e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.222997  normal  0.870899 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0258  transcriptional regulator, LysR family  38.79 
 
 		 298 aa  189  7e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.535692 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2364  transcriptional regulator, LysR family  38.83 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0308026 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2089  LysR substrate-binding  38.83 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127405 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3352  transcriptional regulator, LysR family  38.19 
 
 		 297 aa  183  3e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3000  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 298 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5412  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 299 aa  182  7e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6070  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3266  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 293 aa  176  5e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.817799 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 317 aa  172  5.999999999999999e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.24 
 
 		 294 aa  169  6e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2615  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 294 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.138805  normal  0.54461 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6137  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.955342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.76 
 
 		 294 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.76 
 
 		 294 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.76 
 
 		 294 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 294 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.76 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.79 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0106  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.69 
 
 		 293 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 		 307 aa  159  5e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.23 
 
 		 306 aa  159  5e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.01 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.56 
 
 		 293 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.56 
 
 		 293 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.56 
 
 		 293 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 298 aa  155  9e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 		 314 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.65 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 		 303 aa  150  3e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 308 aa  149  8e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 		 303 aa  148  9e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2712  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.72 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.72 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.72 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0921  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 315 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3358  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.72 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3143  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 313 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2571  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 313 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.96 
 
 		 303 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.3 
 
 		 303 aa  146  5e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2901  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 321 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5707  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 290 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0403331 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3770  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 290 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.96 
 
 		 303 aa  145  6e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 296 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4598  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 290 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.343369 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.96 
 
 		 303 aa  145  6e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0491  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.58 
 
 		 315 aa  145  8.000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0994  transcriptional regulator, LysR family  34.68 
 
 		 327 aa  145  8.000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414086  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 296 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 296 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0361  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  32.53 
 
 		 314 aa  145  9e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 315 aa  144  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 301 aa  144  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.38 
 
 		 303 aa  145  1e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 		 312 aa  145  1e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.53 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4049  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.769313  normal  0.721068 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1449  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.828927  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.62 
 
 		 303 aa  143  3e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 302 aa  144  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1246  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 290 aa  143  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 303 aa  143  3e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 305 aa  143  4e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.77 
 
 		 300 aa  143  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7705  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 317 aa  143  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.728095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.86 
 
 		 303 aa  143  4e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.08 
 
 		 302 aa  143  4e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 316 aa  142  5e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3327  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 303 aa  142  6e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6772  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 296 aa  142  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5786  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 330 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6151  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 330 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.410647  normal  0.467276 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4256  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 291 aa  142  7e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267283 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0983  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.53 
 
 		 300 aa  142  7e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 306 aa  142  8e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2722  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 304 aa  142  8e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 309 aa  142  8e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 308 aa  142  9e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.3 
 
 		 303 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4486  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.978726 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.62 
 
 		 303 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.89 
 
 		 301 aa  142  9.999999999999999e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2913  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 306 aa  142  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.268989  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4028  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.348942  normal  0.834518 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.63 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3307  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 294 aa  141  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.273694  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0734  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 314 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  33.44 
 
 		 299 aa  141  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>