More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0994 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0994  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 327 aa  662    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414086  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0664  LysR family transcriptional regulator  74.77 
 
 		 325 aa  494  1e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.520137 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0529  LysR family transcriptional regulator  72.41 
 
 		 347 aa  469  1.0000000000000001e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.438898  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4044  LysR family transcriptional regulator  71.65 
 
 		 330 aa  463  1e-129  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.832658 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1086  LysR family transcriptional regulator  70.03 
 
 		 320 aa  454  1e-127  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.157723  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0613  transcriptional regulator, LysR family  70.09 
 
 		 336 aa  453  1.0000000000000001e-126  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.758133  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0634  LysR family transcriptional regulator  70.4 
 
 		 336 aa  453  1.0000000000000001e-126  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2646  LysR family transcriptional regulator  66.56 
 
 		 331 aa  418  1e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.028717  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5904  LysR family transcriptional regulator  65.94 
 
 		 324 aa  414  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3294  LysR family transcriptional regulator  53.97 
 
 		 321 aa  331  1e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.228779  normal  0.107887 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0112  LysR family transcriptional regulator  49.68 
 
 		 320 aa  288  9e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0089776 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 294 aa  186  5e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1327  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 314 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.251237 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1391  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00658926  normal  0.188344 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6490  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 330 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5634  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 330 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5999  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 330 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5586  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 333 aa  179  7e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.861314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4366  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 310 aa  179  8e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.67 
 
 		 306 aa  178  9e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  36.59 
 
 		 308 aa  178  9e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6153  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 330 aa  175  8e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7408  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 330 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.12 
 
 		 314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.85 
 
 		 320 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0647  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 307 aa  172  5e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0745  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 320 aa  172  9e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0528277 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2215  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 313 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.15 
 
 		 321 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.15 
 
 		 321 aa  170  3e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.15 
 
 		 321 aa  170  3e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.15 
 
 		 321 aa  170  3e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4817  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 299 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.92045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.15 
 
 		 321 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.31 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.15 
 
 		 321 aa  170  3e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.31 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.15 
 
 		 321 aa  170  4e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2092  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 313 aa  170  4e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 317 aa  169  5e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 318 aa  168  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 295 aa  168  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.37 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0995  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.65 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  34.65 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.65 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.32 
 
 		 308 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.65 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  34.65 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.65 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5486  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 313 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.272052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.65 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.65 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.65 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 311 aa  167  2.9999999999999998e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.25 
 
 		 303 aa  166  4e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 309 aa  166  5e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 308 aa  166  5e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.93 
 
 		 303 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.97 
 
 		 303 aa  165  8e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.32 
 
 		 305 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.32 
 
 		 305 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.62 
 
 		 303 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.32 
 
 		 305 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.65 
 
 		 309 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3325  LysR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.642488  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.62 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.32 
 
 		 305 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.32 
 
 		 305 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0921  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 341 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.32 
 
 		 304 aa  163  3e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.91 
 
 		 328 aa  163  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.66 
 
 		 308 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.93 
 
 		 303 aa  162  6e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1005  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 307 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187099  normal  0.59249 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.19 
 
 		 310 aa  161  1e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 315 aa  162  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 307 aa  162  1e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 348 aa  161  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 323 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1094  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 313 aa  161  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 328 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.24 
 
 		 303 aa  161  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.59 
 
 		 303 aa  161  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.24 
 
 		 303 aa  161  2e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.24 
 
 		 303 aa  161  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 329 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.24 
 
 		 303 aa  161  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 329 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.54 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 329 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.25 
 
 		 303 aa  160  3e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5901  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00437173  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.25 
 
 		 303 aa  160  3e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2176  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0722015  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>