More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_0647 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_0647  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  608  1e-173  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6153  LysR family transcriptional regulator  40.72 
 
 		 330 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6490  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 330 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7408  LysR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 330 aa  192  6e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5999  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 330 aa  192  7e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5634  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 330 aa  192  7e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1086  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 320 aa  191  1e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.157723  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0634  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 336 aa  190  2.9999999999999997e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0613  transcriptional regulator, LysR family  39.29 
 
 		 336 aa  190  2.9999999999999997e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.758133  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4044  LysR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 330 aa  187  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.832658 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1391  transcriptional regulator, LysR family  38.96 
 
 		 314 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00658926  normal  0.188344 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1327  transcriptional regulator, LysR family  38.87 
 
 		 314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.251237 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0529  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 347 aa  183  3e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.438898  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2646  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 331 aa  181  2e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.028717  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0994  transcriptional regulator, LysR family  36.89 
 
 		 327 aa  177  3e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414086  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5904  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 324 aa  174  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0664  LysR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 325 aa  173  3.9999999999999995e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.520137 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2215  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 313 aa  169  4e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2092  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 313 aa  169  7e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2193  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1094  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5486  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 313 aa  166  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.272052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2176  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 313 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0722015  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5901  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 313 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00437173  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5586  LysR family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 333 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.861314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.54 
 
 		 303 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.93 
 
 		 303 aa  162  6e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.27 
 
 		 303 aa  162  7e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.59 
 
 		 303 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5375  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 302 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.323066 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.27 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4366  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 310 aa  161  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.62 
 
 		 303 aa  160  3e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 303 aa  160  3e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.93 
 
 		 303 aa  159  5e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.93 
 
 		 303 aa  159  5e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.93 
 
 		 303 aa  159  5e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.93 
 
 		 303 aa  159  5e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.27 
 
 		 303 aa  159  5e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0745  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 320 aa  159  5e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0528277 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.27 
 
 		 303 aa  159  5e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.27 
 
 		 303 aa  159  6e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2971  LysR family substrate binding transcriptional regulator  34.92 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  34.78 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 		 314 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 		 304 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0447  transcriptional regulator, LysR family  39.79 
 
 		 311 aa  152  5.9999999999999996e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.42 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 308 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.11 
 
 		 300 aa  149  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2674  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 310 aa  149  4e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.910839 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.26 
 
 		 310 aa  149  6e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0304  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 294 aa  149  7e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 306 aa  149  7e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0698  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 320 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0491  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.67 
 
 		 315 aa  147  3e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 301 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3327  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 303 aa  146  3e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 308 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 311 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.15 
 
 		 300 aa  145  6e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 308 aa  145  9e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 306 aa  145  1e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 341 aa  144  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 308 aa  144  1e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 297 aa  144  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 308 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1672  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 331 aa  143  3e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.324341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  34.74 
 
 		 312 aa  143  4e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  34.74 
 
 		 312 aa  143  4e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1431  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 306 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53118  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4145  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 299 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.323905 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 306 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  34.03 
 
 		 306 aa  143  4e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4611  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 299 aa  142  5e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.47 
 
 		 348 aa  142  6e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3294  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 321 aa  142  9e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.228779  normal  0.107887 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1574  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 304 aa  142  9e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.38 
 
 		 306 aa  142  9e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 312 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 310 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5947  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 321 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.287273 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.03 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2465  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 309 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000370846 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.62 
 
 		 320 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5583  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 321 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 318 aa  140  3e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2855  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 329 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.83 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1219  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.8 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 329 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0818  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 309 aa  140  3e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0786272  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>