More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_0634 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_0613  transcriptional regulator, LysR family  99.4 
 
 		 336 aa  663    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.758133  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0634  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 336 aa  669    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4044  LysR family transcriptional regulator  87.69 
 
 		 330 aa  574  1.0000000000000001e-163  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.832658 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2646  LysR family transcriptional regulator  74.61 
 
 		 331 aa  474  1e-133  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.028717  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0529  LysR family transcriptional regulator  70.57 
 
 		 347 aa  460  9.999999999999999e-129  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.438898  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5904  LysR family transcriptional regulator  71.56 
 
 		 324 aa  456  1e-127  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0994  transcriptional regulator, LysR family  70.4 
 
 		 327 aa  453  1.0000000000000001e-126  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414086  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1086  LysR family transcriptional regulator  71.38 
 
 		 320 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.157723  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0664  LysR family transcriptional regulator  67.41 
 
 		 325 aa  430  1e-119  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.520137 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3294  LysR family transcriptional regulator  52.85 
 
 		 321 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.228779  normal  0.107887 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0112  LysR family transcriptional regulator  48.89 
 
 		 320 aa  270  2e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0089776 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6153  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 330 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6490  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 330 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5634  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 330 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5999  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 330 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7408  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 330 aa  182  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0647  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 307 aa  179  4e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1391  transcriptional regulator, LysR family  37.87 
 
 		 314 aa  177  3e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00658926  normal  0.188344 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0745  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 320 aa  175  8e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0528277 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1327  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 		 314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.251237 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4366  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 310 aa  170  3e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.59 
 
 		 320 aa  169  8e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.24 
 
 		 321 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.24 
 
 		 321 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.24 
 
 		 321 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.24 
 
 		 321 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.24 
 
 		 321 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.24 
 
 		 321 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.24 
 
 		 321 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0447  transcriptional regulator, LysR family  41.28 
 
 		 311 aa  165  8e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.29 
 
 		 306 aa  161  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4611  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 299 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4145  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 299 aa  161  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.323905 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  34.14 
 
 		 308 aa  159  6e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1005  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 307 aa  159  8e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187099  normal  0.59249 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 307 aa  159  9e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 308 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5586  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 333 aa  158  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.861314  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5375  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 302 aa  158  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.323066 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.44 
 
 		 328 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.26 
 
 		 348 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.26 
 
 		 323 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.26 
 
 		 328 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 309 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.37 
 
 		 304 aa  157  4e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.29 
 
 		 303 aa  156  4e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36 
 
 		 303 aa  155  9e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36 
 
 		 303 aa  155  9e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36 
 
 		 303 aa  155  9e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36 
 
 		 303 aa  155  9e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.78 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.78 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 315 aa  155  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.78 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  34.78 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.78 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.78 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.78 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1094  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 313 aa  155  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36 
 
 		 303 aa  155  1e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.78 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.12 
 
 		 329 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.12 
 
 		 329 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.12 
 
 		 329 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 295 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.76 
 
 		 303 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 311 aa  153  4e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.96 
 
 		 303 aa  153  5e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.25 
 
 		 303 aa  153  5e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.93 
 
 		 312 aa  152  5e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2215  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 313 aa  153  5e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2092  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 313 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.78 
 
 		 309 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.67 
 
 		 303 aa  152  7e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5486  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 313 aa  152  7e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.272052  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2176  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 328 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.12 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0279  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 308 aa  151  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.126577  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.12 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.67 
 
 		 303 aa  152  1e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.12 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.12 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.12 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 		 307 aa  151  2e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.81 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3561  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.313807  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.44 
 
 		 307 aa  150  4e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1431  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 306 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53118  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 306 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 		 308 aa  149  6e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.09 
 
 		 310 aa  149  9e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.07 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2193  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 313 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>