More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2176 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2176  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 328 aa  660    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3561  LysR family transcriptional regulator  96.63 
 
 		 297 aa  580  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.313807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1783  LysR family transcriptional regulator  89.18 
 
 		 308 aa  555  1e-157  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2113  LysR family transcriptional regulator  65.31 
 
 		 296 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3358  LysR family transcriptional regulator  60.21 
 
 		 293 aa  351  8.999999999999999e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0873  LysR family transcriptional regulator  55.75 
 
 		 300 aa  320  3e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.716768 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0800  transcriptional regulator, LysR family  54.7 
 
 		 295 aa  305  8.000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0246  LysR family transcriptional regulator  52.26 
 
 		 298 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2979  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 309 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1219  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 304 aa  280  3e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2855  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 304 aa  280  3e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 297 aa  280  4e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0432  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 304 aa  276  5e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.687698  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0387  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 304 aa  276  5e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1764  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 304 aa  276  5e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1578  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 304 aa  276  5e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4017  LysR family transcriptional regulator  50.88 
 
 		 296 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.292779 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2650  LysR family transcriptional regulator  51.06 
 
 		 310 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  50.35 
 
 		 323 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3501  LysR family transcriptional regulator  50.18 
 
 		 296 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.828341  normal  0.395337 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4145  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 299 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.323905 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4611  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 299 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3829  LysR family transcriptional regulator  46.9 
 
 		 292 aa  258  1e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.13066 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2192  LysR family transcriptional regulator  46.9 
 
 		 292 aa  258  1e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.12141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0093  transcriptional regulator, LysR family  46.1 
 
 		 291 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.670224  normal  0.484811 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 314 aa  183  3e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.66 
 
 		 300 aa  184  3e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.62 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  35.33 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.54 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.54 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.54 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.54 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.54 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 305 aa  180  4e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  39.52 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.52 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.52 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.52 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.52 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  39.52 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.52 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.52 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.59 
 
 		 304 aa  178  1e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.23 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 307 aa  176  5e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.64 
 
 		 303 aa  176  5e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.02 
 
 		 303 aa  176  6e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.51 
 
 		 307 aa  174  9.999999999999999e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.29 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  39.93 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.32 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.64 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.64 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.68 
 
 		 303 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 317 aa  173  2.9999999999999996e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.84 
 
 		 307 aa  172  5.999999999999999e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.56 
 
 		 306 aa  172  5.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.26 
 
 		 303 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.75 
 
 		 303 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.26 
 
 		 308 aa  171  1e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 318 aa  171  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.59 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.66 
 
 		 303 aa  170  2e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.23 
 
 		 308 aa  170  3e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.15 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.66 
 
 		 303 aa  170  4e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.89 
 
 		 303 aa  170  4e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.89 
 
 		 303 aa  170  4e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.89 
 
 		 303 aa  170  4e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.89 
 
 		 303 aa  170  4e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.55 
 
 		 300 aa  169  5e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.66 
 
 		 303 aa  169  5e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0983  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  36.67 
 
 		 300 aa  169  6e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.41 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.41 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.41 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0449  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.038969  normal  0.109175 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 310 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0423  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 310 aa  166  5e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 295 aa  166  5e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.43 
 
 		 309 aa  165  8e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5525  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.70643  normal  0.485988 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 		 314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.02 
 
 		 328 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.05 
 
 		 322 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 305 aa  162  6e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.07 
 
 		 303 aa  162  7e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.84 
 
 		 321 aa  162  7e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.84 
 
 		 321 aa  162  7e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.84 
 
 		 321 aa  162  9e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.84 
 
 		 321 aa  162  9e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>