More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0112 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0112  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 320 aa  632  1e-180  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0089776 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3294  LysR family transcriptional regulator  56.96 
 
 		 321 aa  342  4e-93  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.228779  normal  0.107887 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0664  LysR family transcriptional regulator  51.91 
 
 		 325 aa  301  8.000000000000001e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.520137 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0529  LysR family transcriptional regulator  50.63 
 
 		 347 aa  290  2e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.438898  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0994  transcriptional regulator, LysR family  49.68 
 
 		 327 aa  288  9e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414086  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1086  LysR family transcriptional regulator  51.09 
 
 		 320 aa  288  1e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.157723  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2646  LysR family transcriptional regulator  50.47 
 
 		 331 aa  284  1.0000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.028717  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0634  LysR family transcriptional regulator  48.89 
 
 		 336 aa  270  2e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4044  LysR family transcriptional regulator  48.25 
 
 		 330 aa  270  2e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.832658 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0613  transcriptional regulator, LysR family  48.57 
 
 		 336 aa  268  8e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.758133  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5904  LysR family transcriptional regulator  49.2 
 
 		 324 aa  260  2e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1391  transcriptional regulator, LysR family  40.59 
 
 		 314 aa  196  6e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00658926  normal  0.188344 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1327  transcriptional regulator, LysR family  40.59 
 
 		 314 aa  196  6e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.251237 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5486  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 313 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.272052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2193  LysR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 313 aa  178  9e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2176  LysR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0722015  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5901  LysR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00437173  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0745  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 320 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0528277 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5999  LysR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 330 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5634  LysR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 330 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6490  LysR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1094  LysR family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2215  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 313 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2092  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 313 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7408  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 330 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0447  transcriptional regulator, LysR family  39.74 
 
 		 311 aa  169  5e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 294 aa  168  9e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4366  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 310 aa  168  9e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  39.08 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5586  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 333 aa  161  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.861314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6153  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 330 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 302 aa  159  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  36.57 
 
 		 312 aa  157  3e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.82 
 
 		 309 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  35.92 
 
 		 312 aa  155  7e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5375  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 302 aa  155  8e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.323066 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.57 
 
 		 306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 307 aa  150  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 314 aa  150  3e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0921  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 315 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.7 
 
 		 314 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.64 
 
 		 313 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0698  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 320 aa  146  5e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.8 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  32.8 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.8 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.8 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.8 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.8 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.8 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.8 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.15 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  32.8 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 308 aa  143  3e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3953  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 321 aa  143  3e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386735  normal  0.188606 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.31 
 
 		 323 aa  143  5e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.31 
 
 		 328 aa  143  5e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.44 
 
 		 322 aa  142  9e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2712  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 313 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.48 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4817  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.92045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.48 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.48 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.8 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.48 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.48 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3143  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2971  LysR family substrate binding transcriptional regulator  28.57 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.48 
 
 		 322 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 315 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4524  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.55 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.55 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 296 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2571  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 313 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.55 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2901  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 321 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.08 
 
 		 300 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  34.56 
 
 		 299 aa  140  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4299  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 301 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.48 
 
 		 307 aa  139  6e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.8 
 
 		 307 aa  139  6e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.01 
 
 		 303 aa  139  6e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.56 
 
 		 328 aa  139  6e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3693  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 296 aa  139  7.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.330059 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1341  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 299 aa  139  8.999999999999999e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.91 
 
 		 310 aa  138  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.31 
 
 		 329 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.31 
 
 		 329 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3325  LysR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.642488  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 341 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6145  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.506053  normal  0.493104 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2385  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.97 
 
 		 320 aa  138  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.79 
 
 		 348 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.31 
 
 		 329 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.91 
 
 		 334 aa  138  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>