More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_1341 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_1341  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  619  1e-176  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0698  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 320 aa  199  3.9999999999999996e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0366  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 301 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.611699 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3159  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.789389  normal  0.0875309 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  36.68 
 
 		 312 aa  191  2e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  37.02 
 
 		 312 aa  187  1e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  37.71 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4588  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 314 aa  179  4e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.042937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.79 
 
 		 306 aa  179  4.999999999999999e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.37 
 
 		 306 aa  178  8e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.64 
 
 		 300 aa  176  3e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.69 
 
 		 302 aa  169  7e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.15 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1431  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53118  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.49 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  35.49 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.15 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.15 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.15 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.15 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.15 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.15 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.15 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.15 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1774  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 314 aa  165  9e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.605757  normal  0.648056 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.9 
 
 		 310 aa  164  1.0000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 317 aa  164  2.0000000000000002e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2913  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.268989  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 		 307 aa  163  3e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 311 aa  163  3e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 		 308 aa  163  3e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.15 
 
 		 308 aa  162  4.0000000000000004e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 		 303 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 		 303 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 		 303 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 		 303 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 		 303 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 		 303 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.15 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.15 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 		 303 aa  159  4e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 		 303 aa  159  4e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 		 303 aa  159  4e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 		 303 aa  159  7e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4622  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 284 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.40881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4773  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 295 aa  157  3e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 305 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.77 
 
 		 314 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0491  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 		 315 aa  155  9e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.81 
 
 		 303 aa  155  9e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 315 aa  154  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2483  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 287 aa  154  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2369  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 286 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0475001 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.47 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.47 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.44 
 
 		 303 aa  153  4e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.13 
 
 		 306 aa  152  7e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 312 aa  149  5e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0279  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 308 aa  149  6e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.126577  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 318 aa  149  7e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3540  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 310 aa  148  9e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0568  regulatory protein, LysR  35.62 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.643445 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 327 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.02 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 314 aa  146  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 305 aa  146  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2562  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 294 aa  147  3e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5904  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 324 aa  147  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.44 
 
 		 312 aa  146  3e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 305 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48500  putative transcriptional regulator  34.84 
 
 		 295 aa  145  6e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000351287  normal  0.143961 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3147  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 293 aa  145  7.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7408  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 330 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 308 aa  144  1e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6490  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 330 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 317 aa  144  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5999  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 330 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5634  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 330 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 311 aa  142  5e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5711  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 310 aa  142  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.831574  normal  0.349345 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6711  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 304 aa  142  8e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6153  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 330 aa  142  8e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.88 
 
 		 322 aa  142  9e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 311 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.3 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>