More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A0745 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A0745  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 320 aa  637    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0528277 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1391  transcriptional regulator, LysR family  65.15 
 
 		 314 aa  386  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00658926  normal  0.188344 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1327  transcriptional regulator, LysR family  64.82 
 
 		 314 aa  385  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.251237 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4366  LysR family transcriptional regulator  60.51 
 
 		 310 aa  358  7e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5586  LysR family transcriptional regulator  59.6 
 
 		 333 aa  347  1e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.861314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5901  LysR family transcriptional regulator  58.39 
 
 		 313 aa  332  5e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00437173  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2176  LysR family transcriptional regulator  58.39 
 
 		 313 aa  332  5e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0722015  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2193  LysR family transcriptional regulator  58.05 
 
 		 313 aa  332  6e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5486  LysR family transcriptional regulator  58.05 
 
 		 313 aa  328  7e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.272052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2092  LysR family transcriptional regulator  58.05 
 
 		 313 aa  325  5e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2215  LysR family transcriptional regulator  57.72 
 
 		 313 aa  325  5e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1094  LysR family transcriptional regulator  59.06 
 
 		 313 aa  324  1e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6153  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 330 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0529  LysR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 347 aa  197  3e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.438898  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6490  LysR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 330 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5999  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 330 aa  193  4e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5634  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 330 aa  193  4e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7408  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 330 aa  192  8e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1086  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 320 aa  187  1e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.157723  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3294  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 321 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.228779  normal  0.107887 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5904  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 324 aa  181  1e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0634  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 336 aa  175  7e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0112  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 320 aa  175  9.999999999999999e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0089776 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4044  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 330 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.832658 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2646  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 331 aa  175  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.028717  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0613  transcriptional regulator, LysR family  33.88 
 
 		 336 aa  173  2.9999999999999996e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.758133  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0994  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 		 327 aa  172  9e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414086  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0447  transcriptional regulator, LysR family  38.93 
 
 		 311 aa  171  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0664  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 325 aa  169  5e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.520137 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6858  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 307 aa  157  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.1149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  30.14 
 
 		 308 aa  152  8.999999999999999e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0647  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5789  transcriptional regulator, LysR family  39.27 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.04167 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6692  transcriptional regulator, LysR family  36.67 
 
 		 300 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363849  normal  0.247449 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.12 
 
 		 306 aa  147  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  34.56 
 
 		 299 aa  146  5e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.59 
 
 		 300 aa  146  5e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5375  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 302 aa  146  6e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.323066 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3977  LysR family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 307 aa  145  9e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459808  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  35.85 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.15 
 
 		 314 aa  143  5e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0891  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 299 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.74 
 
 		 303 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 314 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  34.29 
 
 		 312 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 299 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 299 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 299 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 343 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  35.07 
 
 		 339 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 301 aa  139  6e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 299 aa  139  6e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 308 aa  139  7e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  35.94 
 
 		 295 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  33.89 
 
 		 312 aa  138  1e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.09 
 
 		 303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.44 
 
 		 303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0079  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 299 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000353876 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 316 aa  136  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 294 aa  136  4e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1574  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 304 aa  136  5e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.74 
 
 		 310 aa  135  8e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 303 aa  135  9e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 303 aa  135  9e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 303 aa  135  9e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 303 aa  135  9e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.77 
 
 		 303 aa  135  9e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 303 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 292 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0094  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.686241  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 303 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.77 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0030  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.67 
 
 		 316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3780  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 303 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.116323  decreased coverage  0.000992163 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33 
 
 		 303 aa  134  3e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.12 
 
 		 305 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 308 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.12 
 
 		 305 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.12 
 
 		 305 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.12 
 
 		 305 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.12 
 
 		 305 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.45 
 
 		 305 aa  133  5e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  32.45 
 
 		 305 aa  133  5e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  32.45 
 
 		 305 aa  133  5e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4992  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 303 aa  133  5e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.45 
 
 		 305 aa  133  5e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 341 aa  132  5e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.45 
 
 		 305 aa  133  5e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2352  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 303 aa  133  5e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.45 
 
 		 305 aa  133  5e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.45 
 
 		 305 aa  133  5e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.45 
 
 		 305 aa  133  5e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3743  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 303 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00613556 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4620  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 303 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.45 
 
 		 305 aa  133  5e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 303 aa  133  5e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0164  transcriptional regulator, LysR family  31.99 
 
 		 316 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.12 
 
 		 303 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0094  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 299 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000160709 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>