More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0100 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0100  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 300 aa  610  1e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.872592 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0171  LysR family transcriptional regulator  70.9 
 
 		 326 aa  441  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.231188 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 295 aa  179  4e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 302 aa  179  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 		 302 aa  175  7e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 296 aa  175  9e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 302 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  35.22 
 
 		 311 aa  171  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 311 aa  170  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.62 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 301 aa  170  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 300 aa  169  6e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.64 
 
 		 303 aa  169  7e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 301 aa  168  8e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.27 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.47 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.71 
 
 		 303 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.05 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.71 
 
 		 303 aa  163  3e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.23 
 
 		 305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.23 
 
 		 305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.23 
 
 		 305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.82 
 
 		 303 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.82 
 
 		 303 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.82 
 
 		 303 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.82 
 
 		 303 aa  161  1e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.82 
 
 		 303 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.46 
 
 		 303 aa  159  4e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 294 aa  159  4e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.91 
 
 		 308 aa  159  4e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.1 
 
 		 303 aa  159  5e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.09 
 
 		 306 aa  158  8e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.64 
 
 		 308 aa  158  9e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.1 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.1 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0661  transcriptional regulator AmpR, putative  37.36 
 
 		 294 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0695  LysR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 294 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 295 aa  156  3e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.75 
 
 		 305 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.75 
 
 		 305 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.75 
 
 		 305 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.75 
 
 		 305 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.75 
 
 		 305 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 293 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.46 
 
 		 293 aa  155  7e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.46 
 
 		 293 aa  155  7e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.46 
 
 		 293 aa  155  7e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.65 
 
 		 305 aa  155  8e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  34.65 
 
 		 305 aa  155  8e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.65 
 
 		 305 aa  155  8e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.23 
 
 		 305 aa  155  8e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 305 aa  155  8e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.65 
 
 		 305 aa  155  8e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.65 
 
 		 305 aa  155  8e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  34.65 
 
 		 305 aa  155  8e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.65 
 
 		 305 aa  155  8e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.65 
 
 		 305 aa  155  8e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.65 
 
 		 305 aa  155  8e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6448  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 318 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.21 
 
 		 307 aa  154  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.71 
 
 		 294 aa  155  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.78 
 
 		 306 aa  154  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0734  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.9 
 
 		 307 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.9 
 
 		 307 aa  153  4e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 297 aa  153  4e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.93 
 
 		 294 aa  153  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.93 
 
 		 294 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.93 
 
 		 294 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.93 
 
 		 294 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.15 
 
 		 294 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5583  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 321 aa  152  7e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5947  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 321 aa  152  7e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.287273 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 305 aa  152  8e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2674  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 310 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.910839 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.9 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  151  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3693  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.330059 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 		 310 aa  150  4e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04893  transcriptional regulator  32.08 
 
 		 289 aa  149  5e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 295 aa  149  6e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 300 aa  149  7e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.55 
 
 		 302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 316 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6131  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.32 
 
 		 322 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 320 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 320 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6419  LysR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>