More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0065 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0065  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 317 aa  636    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00400  LysR family transcriptional regulator  68.15 
 
 		 304 aa  382  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.119408 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0164  transcriptional regulator, LysR family  63.12 
 
 		 316 aa  371  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0030  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  63.46 
 
 		 316 aa  374  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  63.25 
 
 		 316 aa  374  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0097  LysR family transcriptional regulator  65.08 
 
 		 299 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.603539  hitchhiker  0.0000731437 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0079  LysR family transcriptional regulator  64.21 
 
 		 299 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000353876 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0094  LysR family transcriptional regulator  64.73 
 
 		 299 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.686241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0094  LysR family transcriptional regulator  63.73 
 
 		 299 aa  364  1e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000160709 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0033  putative transcriptional regulator  65.87 
 
 		 299 aa  354  1e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.195958  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 308 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 308 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 301 aa  232  5e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 301 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 308 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 308 aa  231  2e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 306 aa  229  3e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  43.79 
 
 		 310 aa  230  3e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 343 aa  223  3e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 299 aa  223  4e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 301 aa  223  4e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  43.55 
 
 		 339 aa  223  4e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 299 aa  223  4e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 299 aa  223  4e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 299 aa  222  7e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 292 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  41.69 
 
 		 304 aa  217  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1574  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 304 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.85 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 341 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5789  transcriptional regulator, LysR family  39.35 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.04167 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 295 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3325  LysR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.642488  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6858  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 307 aa  178  9e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.1149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1006  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 317 aa  176  7e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3977  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459808  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 		 314 aa  170  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6692  transcriptional regulator, LysR family  36.77 
 
 		 300 aa  169  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363849  normal  0.247449 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  40.41 
 
 		 299 aa  169  5e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.62 
 
 		 306 aa  169  5e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3030  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0262827 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3219  transcriptional regulator, LysR family  35.44 
 
 		 325 aa  166  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  38.57 
 
 		 302 aa  165  9e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.33 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 302 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0793  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.786364  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6153  LysR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 330 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 298 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 300 aa  162  8.000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.99 
 
 		 303 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 298 aa  161  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 323 aa  161  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.25 
 
 		 303 aa  160  3e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0906  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 298 aa  159  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.150508 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.95 
 
 		 306 aa  159  7e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.29 
 
 		 306 aa  158  9e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.46 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0891  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.02 
 
 		 308 aa  157  2e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  35.29 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5311  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256019  normal  0.0494064 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2901  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 321 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 310 aa  157  3e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2717  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 308 aa  156  5.0000000000000005e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.624024  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.95 
 
 		 303 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0212  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 296 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0028482  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 318 aa  155  7e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 301 aa  154  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 310 aa  154  1e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2005  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 296 aa  155  1e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.12 
 
 		 303 aa  154  1e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.6 
 
 		 302 aa  154  2e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3143  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  35.37 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0983  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  35.91 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.7 
 
 		 310 aa  154  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.18 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2834  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 312 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7408  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 330 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2571  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 313 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1994  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 311 aa  153  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.576839 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 303 aa  153  4e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 312 aa  153  4e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6490  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 330 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0997  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 297 aa  153  4e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5169  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 296 aa  153  5e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  0.0670669 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5999  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 330 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5634  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 330 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 311 aa  152  5e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 310 aa  152  5.9999999999999996e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.95 
 
 		 303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.46 
 
 		 303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>