More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3689 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_3885  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 290 aa  598  1e-170  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19798 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3689  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 290 aa  598  1e-170  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0256  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 290 aa  598  1e-170  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0295  LysR family transcriptional regulator  96.21 
 
 		 294 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3697  LysR family transcriptional regulator  95.17 
 
 		 290 aa  579  1e-164  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4104  LysR family transcriptional regulator  93.1 
 
 		 290 aa  567  1e-161  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4192  LysR family transcriptional regulator  93.45 
 
 		 290 aa  570  1e-161  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4074  LysR family transcriptional regulator  93.45 
 
 		 290 aa  569  1e-161  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3994  transcriptional regulator, LysR family  92.76 
 
 		 290 aa  566  1e-160  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4256  LysR family transcriptional regulator  67.24 
 
 		 291 aa  413  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267283 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0247  LysR family transcriptional regulator  66.55 
 
 		 289 aa  388  1e-107  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0222  LysR family transcriptional regulator  63.45 
 
 		 291 aa  372  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.108067 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0384  transcriptional regulator, LysR family protein  62.76 
 
 		 289 aa  368  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3359  LysR family transcriptional regulator  54.79 
 
 		 296 aa  329  3e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06568  transcriptional regulator  41.64 
 
 		 294 aa  215  5.9999999999999996e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000692  putative transcriptional regulator LysR family protein  40.27 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3221  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1334  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 311 aa  192  6e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000111205 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3811  LysR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 315 aa  191  2e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4030  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 296 aa  187  1e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.790637  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2670  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 303 aa  185  8e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.38872  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.74 
 
 		 307 aa  185  9e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2509  transcriptional regulator, LysR family protein  35.17 
 
 		 292 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.4 
 
 		 307 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.81 
 
 		 306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.93 
 
 		 302 aa  179  7e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.37 
 
 		 305 aa  178  9e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 305 aa  178  9e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.37 
 
 		 305 aa  178  9e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.37 
 
 		 305 aa  178  9e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.37 
 
 		 305 aa  178  9e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.37 
 
 		 305 aa  178  9e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  35.37 
 
 		 305 aa  178  9e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.37 
 
 		 305 aa  178  9e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.37 
 
 		 305 aa  178  9e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.37 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.37 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.25 
 
 		 305 aa  177  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.37 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.37 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.37 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  35.15 
 
 		 306 aa  176  4e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.15 
 
 		 306 aa  176  6e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.74 
 
 		 308 aa  174  9.999999999999999e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2404  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.772401  normal  0.186962 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2153  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.76932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1431  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53118  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.59 
 
 		 308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.4 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.96 
 
 		 303 aa  169  4e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.08 
 
 		 303 aa  168  7e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1188  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 303 aa  169  7e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.48406  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.99 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.08 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.74 
 
 		 303 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.05 
 
 		 303 aa  165  5.9999999999999996e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.59 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.59 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.83 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.83 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.83 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.83 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.48 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.48 
 
 		 303 aa  163  3e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.83 
 
 		 303 aa  163  3e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.95 
 
 		 303 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1201  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 313 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.6 
 
 		 300 aa  159  4e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1848  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 295 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.848008  hitchhiker  0.00384557 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.35 
 
 		 314 aa  155  8e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  34.77 
 
 		 302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 311 aa  153  2.9999999999999998e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.32 
 
 		 306 aa  152  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 317 aa  152  7e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 315 aa  151  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 295 aa  151  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 294 aa  150  3e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.82 
 
 		 293 aa  149  6e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.17 
 
 		 294 aa  149  7e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.51 
 
 		 293 aa  148  8e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.51 
 
 		 293 aa  148  8e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1259  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 288 aa  148  8e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.51 
 
 		 293 aa  148  8e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.83 
 
 		 294 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.17 
 
 		 294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.33 
 
 		 294 aa  145  6e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.49 
 
 		 294 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.49 
 
 		 294 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.33 
 
 		 294 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 311 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>