More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_1426 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_1426  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
306 aa  621  1e-177  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.16714  normal  0.508277 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2291  LysR family transcriptional regulator  55.67 
 
 
301 aa  355  5.999999999999999e-97  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.83222 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.46 
 
 
348 aa  198  7e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.78 
 
 
322 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.14 
 
 
329 aa  195  7e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.14 
 
 
329 aa  195  7e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.14 
 
 
329 aa  195  7e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.12 
 
 
320 aa  192  5e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.14 
 
 
328 aa  191  9e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.14 
 
 
323 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.14 
 
 
328 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.32 
 
 
334 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.39 
 
 
321 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.39 
 
 
321 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.39 
 
 
321 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.39 
 
 
321 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.39 
 
 
321 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.48 
 
 
309 aa  189  5e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.18 
 
 
321 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.78 
 
 
321 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.37 
 
 
314 aa  187  3e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 
326 aa  186  5e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.18 
 
 
322 aa  185  9e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.25 
 
 
300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.62 
 
 
306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0058  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.44 
 
 
297 aa  179  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 
305 aa  175  7e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.67 
 
 
304 aa  175  9e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 
314 aa  174  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
317 aa  174  9.999999999999999e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.03 
 
 
305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.03 
 
 
305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.03 
 
 
305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 
305 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 
305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36 
 
 
307 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.33 
 
 
307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.67 
 
 
305 aa  172  5.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.67 
 
 
305 aa  172  5.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.67 
 
 
305 aa  172  5.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.67 
 
 
305 aa  172  5.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.67 
 
 
305 aa  172  5.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36 
 
 
308 aa  172  6.999999999999999e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.33 
 
 
305 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  35.33 
 
 
305 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  35.33 
 
 
305 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.33 
 
 
305 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.33 
 
 
305 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.33 
 
 
305 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.33 
 
 
305 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.33 
 
 
305 aa  172  7.999999999999999e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.33 
 
 
305 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
311 aa  171  1e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 
305 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 
305 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.86 
 
 
303 aa  171  2e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.63 
 
 
302 aa  170  3e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.33 
 
 
308 aa  170  3e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
318 aa  170  3e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 
303 aa  170  3e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0449  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
305 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.038969  normal  0.109175 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35 
 
 
305 aa  170  3e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 
294 aa  168  9e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.11 
 
 
320 aa  167  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.64 
 
 
313 aa  168  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.08 
 
 
303 aa  168  1e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2973  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 
306 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.329734 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 
305 aa  167  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.83 
 
 
303 aa  167  2e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.88 
 
 
306 aa  166  2.9999999999999998e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0921  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
315 aa  166  5e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 
309 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.14 
 
 
303 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.14 
 
 
303 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.14 
 
 
303 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2338  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
306 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152044  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.14 
 
 
303 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 
308 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2952  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
306 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00119284  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.48 
 
 
303 aa  165  9e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.57 
 
 
300 aa  164  1.0000000000000001e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.83 
 
 
303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 
305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0187  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 
320 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163484  normal  0.742641 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 
299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.21 
 
 
303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.54 
 
 
310 aa  163  3e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4077  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 
291 aa  163  3e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.14 
 
 
303 aa  163  3e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0423  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.14 
 
 
303 aa  162  6e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.22 
 
 
306 aa  162  7e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3951  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
295 aa  162  7e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.79 
 
 
303 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  34.55 
 
 
306 aa  162  8.000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.14 
 
 
303 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.14 
 
 
303 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_003296  RS00893  transcription regulator protein  35.96 
 
 
304 aa  161  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0257134  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
308 aa  161  1e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>