More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_5290 on replicon NC_011368
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011368  Rleg2_5290  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
295 aa  592  1e-168  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0902185 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4846  transcriptional regulator, LysR family  90.17 
 
 
295 aa  544  1e-154  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.067999 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3977  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 
307 aa  223  2e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459808  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6858  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 
307 aa  187  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.1149  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3030  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 
305 aa  166  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0262827 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  33.09 
 
 
308 aa  156  4e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00415  transcription regulator protein  33.1 
 
 
303 aa  152  5e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0891  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 
299 aa  152  7e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3358  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
293 aa  149  6e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4992  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 
303 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3743  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 
303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00613556 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4620  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 
303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3780  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
303 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.116323  decreased coverage  0.000992163 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.64 
 
 
303 aa  144  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2352  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
303 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.27 
 
 
303 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.27 
 
 
303 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.53 
 
 
303 aa  144  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.27 
 
 
303 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.27 
 
 
303 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1259  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
288 aa  143  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.53 
 
 
303 aa  143  3e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.53 
 
 
303 aa  143  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  36.45 
 
 
312 aa  143  4e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.9 
 
 
303 aa  142  6e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.27 
 
 
303 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  36.45 
 
 
312 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 
302 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.53 
 
 
303 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2922  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 
312 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.264653  normal  0.551343 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 
305 aa  139  6e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.16 
 
 
303 aa  139  6e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.53 
 
 
303 aa  139  7e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  31.36 
 
 
305 aa  138  8.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
316 aa  138  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 
303 aa  138  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0818  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
309 aa  137  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0786272  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00400  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 
304 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.119408 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.06 
 
 
303 aa  136  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0030  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.18 
 
 
316 aa  136  5e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.16 
 
 
303 aa  136  5e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0033  putative transcriptional regulator  33.22 
 
 
299 aa  136  5e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.195958  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4750  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 
326 aa  135  9e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.1 
 
 
310 aa  134  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3317  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 
300 aa  135  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0797961 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1327  transcriptional regulator, LysR family  34.68 
 
 
314 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.251237 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.04 
 
 
303 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5375  LysR family transcriptional regulator  32.6 
 
 
302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.323066 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 
341 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1391  transcriptional regulator, LysR family  34.68 
 
 
314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00658926  normal  0.188344 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4989  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 
318 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3325  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
298 aa  132  5e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.642488  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 
314 aa  132  6.999999999999999e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.81 
 
 
307 aa  132  6.999999999999999e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 
305 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_003296  RS02150  transcription regulator transcription regulator protein  33.45 
 
 
296 aa  132  7.999999999999999e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2717  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 
308 aa  132  7.999999999999999e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.624024  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 
317 aa  131  1.0000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.46 
 
 
314 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.7 
 
 
305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  33.7 
 
 
305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.7 
 
 
305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.7 
 
 
305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.7 
 
 
305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.7 
 
 
305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  33.7 
 
 
305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.7 
 
 
305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.44 
 
 
307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.7 
 
 
305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0529  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 
347 aa  130  3e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.438898  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.4 
 
 
306 aa  130  3e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0065  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 
317 aa  130  3e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0431  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 
327 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6583  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 
323 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.422748  normal  0.335844 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.07 
 
 
305 aa  129  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.07 
 
 
305 aa  129  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.07 
 
 
305 aa  129  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.07 
 
 
305 aa  129  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.07 
 
 
305 aa  129  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0079  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 
299 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000353876 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2058  LysR family transcriptional regulator  32.84 
 
 
304 aa  129  6e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0097  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 
299 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.603539  hitchhiker  0.0000731437 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.9 
 
 
306 aa  129  7.000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  30.54 
 
 
306 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  35.9 
 
 
306 aa  129  8.000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0994  transcriptional regulator, LysR family  33.96 
 
 
327 aa  129  8.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414086  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0094  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 
299 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000160709 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0164  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 
316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0094  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 
299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.686241  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  34.49 
 
 
323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.54 
 
 
306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2531  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.8 
 
 
303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.629256  normal  0.926867 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.06 
 
 
302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  31.33 
 
 
339 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 
301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6661  LysR family transcriptional regulator  31.64 
 
 
299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6426  LysR family transcriptional regulator  31.64 
 
 
299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1219  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
304 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2153  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 
294 aa  127  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.76932  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2855  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
304 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>