More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4750 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4750  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 326 aa  668    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3219  transcriptional regulator, LysR family  52.61 
 
 		 325 aa  335  5e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  36.68 
 
 		 304 aa  166  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 341 aa  161  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 308 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  37.37 
 
 		 339 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3977  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 307 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459808  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  33.65 
 
 		 308 aa  156  5.0000000000000005e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 308 aa  155  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 301 aa  156  6e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 308 aa  155  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 310 aa  154  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 343 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5375  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 302 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.323066 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 292 aa  152  8e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 301 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 308 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3325  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.642488  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 316 aa  149  6e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00400  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 304 aa  149  7e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.119408 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1574  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 304 aa  146  5e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0030  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.45 
 
 		 316 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.01 
 
 		 303 aa  145  1e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3030  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0262827 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.89 
 
 		 303 aa  142  7e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.36 
 
 		 303 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2058  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 304 aa  141  9.999999999999999e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2922  transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 		 312 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.264653  normal  0.551343 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0818  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 309 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0786272  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3881  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.88 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0164  transcriptional regulator, LysR family  31.42 
 
 		 316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.55 
 
 		 303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3743  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 303 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00613556 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4992  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 303 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4620  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 303 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 303 aa  135  8e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 303 aa  135  8e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 303 aa  135  8e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3780  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 303 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.116323  decreased coverage  0.000992163 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2352  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 303 aa  135  9e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5290  transcriptional regulator, LysR family  35.38 
 
 		 295 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0902185 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 303 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.49 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4846  transcriptional regulator, LysR family  36.03 
 
 		 295 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.067999 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.7 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0033  putative transcriptional regulator  33.88 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.195958  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1006  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 317 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 303 aa  133  5e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.01 
 
 		 314 aa  132  6e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6153  LysR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 330 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33 
 
 		 303 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0065  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 317 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0994  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 327 aa  132  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414086  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6858  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 307 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.1149  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.23 
 
 		 307 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0079  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 299 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000353876 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0891  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 295 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5634  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 330 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5999  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 330 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.58 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0431  LysR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 327 aa  130  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.29 
 
 		 306 aa  130  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7408  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 330 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0097  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 299 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.603539  hitchhiker  0.0000731437 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6490  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 330 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.9 
 
 		 307 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1345  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 300 aa  129  6e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0410481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2694  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 326 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1666  gp58  33.1 
 
 		 384 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000292793  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0529  LysR family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 347 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.438898  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2716  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5529  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 315 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0094  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.686241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.77 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2979  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2855  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4366  LysR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1219  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.79 
 
 		 308 aa  127  3e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  30.42 
 
 		 305 aa  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1994  transcriptional regulator, LysR family  36.12 
 
 		 311 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.576839 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.42 
 
 		 305 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.42 
 
 		 305 aa  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.42 
 
 		 305 aa  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.42 
 
 		 305 aa  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.42 
 
 		 305 aa  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>