More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0431 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0431  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 327 aa  657    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  36.72 
 
 		 308 aa  189  5e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 341 aa  186  5e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6858  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.1149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 308 aa  181  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 343 aa  177  3e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  38.21 
 
 		 339 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 310 aa  176  5e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 299 aa  175  7e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 299 aa  175  7e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 299 aa  175  7e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 301 aa  176  7e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 308 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 310 aa  173  2.9999999999999996e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 306 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 292 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 304 aa  170  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 310 aa  169  6e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 304 aa  168  9e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6148  transcriptional regulator, LysR family  36.62 
 
 		 323 aa  168  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1512  LysR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 343 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.410593  normal  0.21533 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0891  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 299 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3881  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 297 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6583  LysR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 323 aa  161  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.422748  normal  0.335844 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4992  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 303 aa  161  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.05 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0094  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 299 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.686241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2113  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 296 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0079  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 299 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000353876 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3743  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 303 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00613556 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2352  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 303 aa  159  6e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4620  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 303 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3977  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 307 aa  159  7e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459808  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0097  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 299 aa  159  8e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.603539  hitchhiker  0.0000731437 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  32.2 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 316 aa  158  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3780  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.116323  decreased coverage  0.000992163 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3030  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 305 aa  156  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0262827 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2717  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 308 aa  156  5.0000000000000005e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.624024  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0094  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 299 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000160709 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 310 aa  155  1e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1006  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 317 aa  155  1e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0818  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 309 aa  155  1e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0786272  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.88 
 
 		 303 aa  155  1e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 311 aa  155  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2694  LysR family transcriptional regulator  35.28 
 
 		 326 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.88 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2058  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 304 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.88 
 
 		 303 aa  153  4e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4989  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 318 aa  153  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0106  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 294 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.86 
 
 		 303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 317 aa  152  8.999999999999999e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5529  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 315 aa  151  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.54 
 
 		 303 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.54 
 
 		 303 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.54 
 
 		 303 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.88 
 
 		 321 aa  152  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.54 
 
 		 303 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.88 
 
 		 321 aa  151  2e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.88 
 
 		 321 aa  151  2e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.88 
 
 		 321 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.86 
 
 		 328 aa  151  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 		 303 aa  151  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.88 
 
 		 321 aa  151  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.2 
 
 		 303 aa  151  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 		 321 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.88 
 
 		 321 aa  151  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 326 aa  150  4e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.2 
 
 		 303 aa  150  4e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  149  5e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.2 
 
 		 303 aa  149  5e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.77 
 
 		 303 aa  149  5e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 310 aa  149  5e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.2 
 
 		 303 aa  149  5e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 		 320 aa  149  7e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.63 
 
 		 334 aa  149  7e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2913  transcriptional regulator, LysR family  38.06 
 
 		 306 aa  149  7e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.268989  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.53 
 
 		 303 aa  149  8e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 295 aa  149  9e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.86 
 
 		 323 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 		 312 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.31 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1574  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.86 
 
 		 328 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00400  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.119408 
 
 
-
 
NC_003296  RS00415  transcription regulator protein  31.29 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3643  transcriptional regulator, LysR family  34.87 
 
 		 315 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.498375  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3358  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 293 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5375  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 302 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.323066 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6082  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 329 aa  147  3e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>