More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5755 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_5755  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 333 aa  692    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.112022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6862  LysR family transcriptional regulator  84.04 
 
 		 333 aa  591  1e-168  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0273347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2694  LysR family transcriptional regulator  43.87 
 
 		 326 aa  268  8.999999999999999e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3061  transcriptional regulator, LysR family  41.06 
 
 		 307 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.638597  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  30.97 
 
 		 308 aa  145  7.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0097  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 299 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.603539  hitchhiker  0.0000731437 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 308 aa  145  9e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0079  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 299 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000353876 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0094  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 299 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.686241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 310 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0094  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 299 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000160709 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 306 aa  139  6e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5375  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.323066 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 317 aa  138  1e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0818  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 309 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0786272  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00400  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.119408 
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.72 
 
 		 313 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.17 
 
 		 329 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.17 
 
 		 329 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.17 
 
 		 329 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0891  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 299 aa  132  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4992  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 303 aa  133  6e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2352  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 303 aa  133  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0431  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 327 aa  132  6e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.9 
 
 		 309 aa  132  7.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2803  transcriptional regulator, LysR family  32.25 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.692324  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3030  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 305 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0262827 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2531  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.26 
 
 		 303 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.629256  normal  0.926867 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 316 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 304 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3780  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 303 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.116323  decreased coverage  0.000992163 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 305 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3219  transcriptional regulator, LysR family  32.36 
 
 		 325 aa  129  6e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 308 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0030  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.02 
 
 		 316 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3743  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00613556 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.29 
 
 		 323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4620  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.29 
 
 		 328 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 341 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.79 
 
 		 303 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.79 
 
 		 303 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.79 
 
 		 303 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.79 
 
 		 303 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2922  transcriptional regulator, LysR family  29.74 
 
 		 312 aa  126  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.264653  normal  0.551343 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.21 
 
 		 328 aa  126  5e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.8 
 
 		 303 aa  126  6e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4952  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 319 aa  125  7e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.885595  normal  0.690392 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 303 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2456  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 318 aa  125  8.000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.61 
 
 		 348 aa  125  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.79 
 
 		 303 aa  125  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3360  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.67 
 
 		 303 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.37 
 
 		 320 aa  125  1e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0491  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.96 
 
 		 315 aa  124  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.04 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0164  transcriptional regulator, LysR family  31.45 
 
 		 316 aa  124  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3977  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  124  3e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459808  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 299 aa  124  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 327 aa  124  3e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 343 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 303 aa  124  3e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.61 
 
 		 321 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 301 aa  123  4e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.61 
 
 		 321 aa  123  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  32.46 
 
 		 339 aa  123  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0572  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 311 aa  123  4e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.220776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0181  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.84 
 
 		 320 aa  123  4e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.61 
 
 		 321 aa  123  4e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.61 
 
 		 321 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.61 
 
 		 321 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.61 
 
 		 321 aa  123  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.61 
 
 		 321 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.22 
 
 		 334 aa  122  7e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.72 
 
 		 303 aa  122  8e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.01 
 
 		 303 aa  122  8e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.01 
 
 		 303 aa  122  8e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0033  putative transcriptional regulator  33.98 
 
 		 299 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.195958  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0187  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.49 
 
 		 320 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163484  normal  0.742641 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0065  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 317 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.72 
 
 		 306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 302 aa  120  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30 
 
 		 322 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 292 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1339  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 312 aa  120  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.29 
 
 		 310 aa  120  3.9999999999999996e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0793  transcriptional regulator, LysR family  28.71 
 
 		 298 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.786364  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2717  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 308 aa  119  4.9999999999999996e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.624024  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.65 
 
 		 322 aa  119  6e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_003296  RS00415  transcription regulator protein  29.32 
 
 		 303 aa  119  7.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>