More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3061 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3061  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 307 aa  641    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.638597  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2694  LysR family transcriptional regulator  66.01 
 
 		 326 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5755  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 333 aa  245  6e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.112022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6862  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 333 aa  240  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0273347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  33.01 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5375  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.323066 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.18 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.31 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.88 
 
 		 303 aa  151  1e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.87 
 
 		 303 aa  151  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.87 
 
 		 303 aa  151  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.2 
 
 		 303 aa  151  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.88 
 
 		 303 aa  150  3e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.88 
 
 		 303 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.88 
 
 		 303 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.88 
 
 		 303 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.88 
 
 		 303 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.99 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0431  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 327 aa  145  6e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2352  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.9 
 
 		 303 aa  143  3e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 303 aa  143  4e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4620  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 303 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3743  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 303 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00613556 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 303 aa  143  5e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 310 aa  142  6e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 308 aa  142  7e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4992  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 303 aa  142  7e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3780  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 303 aa  142  7e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.116323  decreased coverage  0.000992163 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 306 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 308 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 302 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.06 
 
 		 310 aa  140  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.8 
 
 		 303 aa  140  3e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00400  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 304 aa  139  7e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.119408 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 341 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 343 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  30.82 
 
 		 339 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 299 aa  136  4e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 301 aa  135  9e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 308 aa  135  9e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 327 aa  135  9.999999999999999e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0094  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 299 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000160709 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2922  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.264653  normal  0.551343 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  30.26 
 
 		 304 aa  133  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.39 
 
 		 302 aa  133  3e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 308 aa  132  9e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0891  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 292 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3030  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0262827 
 
 
-
 
NC_003296  RS00415  transcription regulator protein  29.14 
 
 		 303 aa  130  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0079  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 299 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000353876 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0097  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 299 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.603539  hitchhiker  0.0000731437 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0033  putative transcriptional regulator  34.53 
 
 		 299 aa  129  6e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.195958  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0094  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 299 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.686241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0030  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.03 
 
 		 316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  31.07 
 
 		 295 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3811  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0164  transcriptional regulator, LysR family  30.97 
 
 		 316 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  29.97 
 
 		 306 aa  126  4.0000000000000003e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.74 
 
 		 306 aa  126  5e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 305 aa  126  5e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2914  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 313 aa  125  9e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.215437  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.33 
 
 		 300 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1512  LysR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 343 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.410593  normal  0.21533 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6148  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 323 aa  124  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 316 aa  124  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.03 
 
 		 300 aa  122  9e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0994  transcriptional regulator, LysR family  32.17 
 
 		 327 aa  121  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414086  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0279  transcriptional regulator, LysR family  31.35 
 
 		 308 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.126577  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  30.23 
 
 		 314 aa  121  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1546  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 308 aa  122  9.999999999999999e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0468693  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2404  LysR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.772401  normal  0.186962 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 317 aa  121  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4045  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 304 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 317 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2092  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 313 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3159  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 299 aa  120  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.789389  normal  0.0875309 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.18 
 
 		 306 aa  120  3e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2456  LysR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 318 aa  120  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2215  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 313 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3219  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 325 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 311 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1574  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 304 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 308 aa  119  7e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  29.26 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.26 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.94 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1094  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 313 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.26 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.94 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.26 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.94 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>