More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_B1512 on replicon NC_007952
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007952  Bxe_B1512  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
343 aa  696    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.410593  normal  0.21533 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6148  transcriptional regulator, LysR family  92.88 
 
 
323 aa  614  1e-175  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6583  LysR family transcriptional regulator  82.04 
 
 
323 aa  553  1e-156  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.422748  normal  0.335844 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4989  transcriptional regulator, LysR family  53.99 
 
 
318 aa  328  8e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5529  LysR family transcriptional regulator  51.88 
 
 
315 aa  319  5e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3643  transcriptional regulator, LysR family  51.76 
 
 
315 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.498375  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4952  LysR family transcriptional regulator  36.31 
 
 
319 aa  194  2e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.885595  normal  0.690392 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0431  LysR family transcriptional regulator  36.47 
 
 
327 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  35.08 
 
 
304 aa  157  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1574  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 
304 aa  151  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  35.59 
 
 
339 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
343 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 
302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 
308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 
299 aa  147  3e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 
306 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 
308 aa  146  5e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
308 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
301 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 
310 aa  145  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  29 
 
 
308 aa  145  1e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
301 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.35 
 
 
305 aa  143  5e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 
292 aa  142  7e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0065  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
317 aa  142  8e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2694  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 
326 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0097  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 
299 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.603539  hitchhiker  0.0000731437 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0079  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 
299 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000353876 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00400  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 
304 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.119408 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0094  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 
299 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.686241  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.33 
 
 
305 aa  140  3e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
305 aa  140  3e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 
305 aa  140  3e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 
305 aa  140  3e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 
305 aa  140  3e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 
305 aa  140  3e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  33.33 
 
 
305 aa  140  3e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.69 
 
 
303 aa  140  3e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 
305 aa  140  3e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 
305 aa  140  3e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0891  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 
299 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 
304 aa  139  4.999999999999999e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 
308 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0094  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 
299 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000160709 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3561  LysR family transcriptional regulator  35.13 
 
 
297 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.313807  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.24 
 
 
308 aa  138  1e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 
305 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 
316 aa  137  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 
305 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 
305 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 
305 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 
305 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33 
 
 
307 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2803  transcriptional regulator, LysR family  30.38 
 
 
298 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.692324  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 
305 aa  135  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2531  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.06 
 
 
303 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.629256  normal  0.926867 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 
305 aa  135  9.999999999999999e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 
305 aa  135  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.69 
 
 
303 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.69 
 
 
303 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1783  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 
308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.78 
 
 
307 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6858  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 
307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.1149  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0698  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
320 aa  134  3e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.1 
 
 
303 aa  133  5e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.42 
 
 
308 aa  132  6.999999999999999e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3325  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 
298 aa  132  6.999999999999999e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.642488  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2176  LysR family transcriptional regulator  34.05 
 
 
328 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.81 
 
 
310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.1 
 
 
303 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.36 
 
 
303 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.9 
 
 
303 aa  130  3e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 
311 aa  130  4.0000000000000003e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2922  transcriptional regulator, LysR family  30.9 
 
 
312 aa  129  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.264653  normal  0.551343 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5375  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 
302 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.323066 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.61 
 
 
303 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.03 
 
 
303 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.03 
 
 
303 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.62 
 
 
306 aa  129  8.000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.03 
 
 
303 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.03 
 
 
303 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.24 
 
 
303 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 
311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.03 
 
 
303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 
299 aa  127  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.24 
 
 
303 aa  127  3e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0030  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.51 
 
 
316 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.9 
 
 
303 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.83 
 
 
303 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  29.32 
 
 
306 aa  125  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0164  transcriptional regulator, LysR family  30.54 
 
 
316 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3061  transcriptional regulator, LysR family  30.7 
 
 
307 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.638597  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2193  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 
313 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2779  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 
298 aa  124  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0033  putative transcriptional regulator  30.27 
 
 
299 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.195958  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2176  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 
313 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0722015  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>