More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4952 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_4952  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
319 aa  635    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.885595  normal  0.690392 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3643  transcriptional regulator, LysR family  43.04 
 
 
315 aa  222  8e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.498375  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5529  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 
315 aa  212  9e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6583  LysR family transcriptional regulator  38.02 
 
 
323 aa  209  6e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.422748  normal  0.335844 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4989  transcriptional regulator, LysR family  37.78 
 
 
318 aa  202  7e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1512  LysR family transcriptional regulator  36.31 
 
 
343 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.410593  normal  0.21533 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6148  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 
323 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
308 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 
306 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
308 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  34.45 
 
 
304 aa  153  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 
299 aa  153  5e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
310 aa  150  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 
299 aa  150  4e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 
299 aa  150  4e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 
299 aa  150  4e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
301 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 
343 aa  149  5e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 
292 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 
301 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
308 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  35.57 
 
 
339 aa  149  6e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
301 aa  149  9e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 
308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0431  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 
327 aa  144  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  31.44 
 
 
308 aa  143  5e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 
341 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1574  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 
304 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.48 
 
 
303 aa  138  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5947  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 
321 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.287273 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3325  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 
298 aa  138  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.642488  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5583  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 
321 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6448  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
318 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.34 
 
 
308 aa  135  9e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2674  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
310 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.910839 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.24 
 
 
293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.21 
 
 
303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1623  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 
317 aa  134  3e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6419  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
297 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2251  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 
317 aa  133  3.9999999999999996e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.149084  normal  0.781815 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.35 
 
 
303 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.87 
 
 
303 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 
293 aa  132  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 
293 aa  132  5e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 
293 aa  132  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.87 
 
 
303 aa  133  5e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.87 
 
 
303 aa  132  6e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.87 
 
 
303 aa  132  6e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.87 
 
 
303 aa  132  6e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.87 
 
 
303 aa  132  6e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.01 
 
 
305 aa  132  6e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6131  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
310 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.01 
 
 
307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.54 
 
 
303 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 
294 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.54 
 
 
303 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.83 
 
 
303 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 
294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.54 
 
 
303 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.56 
 
 
305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 
305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.01 
 
 
308 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.01 
 
 
307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.89 
 
 
305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.01 
 
 
306 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.89 
 
 
305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.89 
 
 
305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  30.67 
 
 
305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.89 
 
 
305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.89 
 
 
305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  33.56 
 
 
305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 
305 aa  130  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 
305 aa  130  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 
305 aa  130  3e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3977  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 
307 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459808  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5375  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 
302 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.323066 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6858  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 
307 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.1149  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 
303 aa  129  6e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.88 
 
 
294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.54 
 
 
294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.88 
 
 
294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3977  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416539  normal  0.0154243 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0529  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 
347 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.438898  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.54 
 
 
294 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 
304 aa  127  3e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.01 
 
 
303 aa  127  3e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2979  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 
309 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1219  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 
304 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2855  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 
304 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
304 aa  126  5e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 
302 aa  125  7e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5755  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 
333 aa  125  7e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.112022  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.88 
 
 
314 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5789  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 
301 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.04167 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>