More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_3624 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011071  Smal_3624  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
295 aa  573  1.0000000000000001e-163  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4195  transcriptional regulator  64.36 
 
 
296 aa  358  5e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.140218  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49110  transcriptional regulator  61.25 
 
 
296 aa  345  6e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000474321 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3319  LysR family transcriptional regulator  59.03 
 
 
296 aa  313  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.159195  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4773  transcriptional regulator, LysR family  47.14 
 
 
295 aa  242  5e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3540  LysR family transcriptional regulator  44.83 
 
 
310 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  41.75 
 
 
314 aa  213  2.9999999999999995e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  44.88 
 
 
305 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  44.1 
 
 
305 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  44.1 
 
 
305 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  45.23 
 
 
305 aa  209  5e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  44.1 
 
 
305 aa  208  7e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0449  LysR family transcriptional regulator  43.06 
 
 
305 aa  196  6e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.038969  normal  0.109175 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0423  LysR family transcriptional regulator  43.11 
 
 
305 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
318 aa  192  8e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 
317 aa  187  2e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.26 
 
 
314 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6772  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 
296 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.25 
 
 
329 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.25 
 
 
329 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.25 
 
 
329 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 
308 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.45 
 
 
321 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.45 
 
 
321 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.45 
 
 
321 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.44 
 
 
305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.45 
 
 
321 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.44 
 
 
305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.45 
 
 
321 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.44 
 
 
305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.44 
 
 
305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.45 
 
 
321 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.44 
 
 
305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.98 
 
 
304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.14 
 
 
305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.45 
 
 
321 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.69 
 
 
303 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.68 
 
 
306 aa  172  5e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.1 
 
 
320 aa  172  5e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5525  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 
306 aa  172  5e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.70643  normal  0.485988 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.25 
 
 
328 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.308755 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.74 
 
 
305 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  34.74 
 
 
305 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.74 
 
 
305 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.74 
 
 
305 aa  172  7.999999999999999e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.74 
 
 
305 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.74 
 
 
305 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.74 
 
 
305 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  34.74 
 
 
305 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.74 
 
 
305 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 
306 aa  171  9e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1431  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 
306 aa  171  9e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53118  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.69 
 
 
303 aa  170  2e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 
348 aa  171  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.54 
 
 
303 aa  170  2e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 
317 aa  170  2e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 
327 aa  171  2e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.34 
 
 
303 aa  171  2e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 
302 aa  170  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.34 
 
 
303 aa  169  3e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.89 
 
 
334 aa  170  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.34 
 
 
303 aa  169  3e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.34 
 
 
303 aa  169  4e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.34 
 
 
303 aa  169  4e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.34 
 
 
303 aa  169  4e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.34 
 
 
303 aa  169  4e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.44 
 
 
305 aa  169  6e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.44 
 
 
305 aa  169  6e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.44 
 
 
305 aa  169  6e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.34 
 
 
303 aa  169  6e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 
328 aa  168  8e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 
323 aa  168  9e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.84 
 
 
303 aa  168  9e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.74 
 
 
307 aa  168  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 
300 aa  168  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 
310 aa  167  2e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.63 
 
 
303 aa  167  2e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 
311 aa  167  2e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.74 
 
 
307 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0187  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 
320 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163484  normal  0.742641 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.19 
 
 
322 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.84 
 
 
303 aa  165  8e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 
311 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.49 
 
 
303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.49 
 
 
322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2291  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
301 aa  163  3e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.83222 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.63 
 
 
303 aa  163  3e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
311 aa  163  3e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 
305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0572  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
311 aa  163  4.0000000000000004e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.220776  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 
308 aa  162  8.000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 
315 aa  161  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 
308 aa  161  1e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4611  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
299 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4145  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
299 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.323905 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3415  transcriptional regulator LysR family  37.33 
 
 
305 aa  160  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1122  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 
311 aa  161  2e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.41 
 
 
303 aa  160  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0181  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.3 
 
 
320 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.28 
 
 
320 aa  159  4e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>