More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2914 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2914  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 296 aa  601  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0105427  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2548  LysR family transcriptional regulator  49.65 
 
 		 328 aa  288  8e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4493  LysR family transcriptional regulator  49.47 
 
 		 300 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1951  LysR family transcriptional regulator  48.24 
 
 		 298 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.177582  normal  0.730063 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3988  LysR family transcriptional regulator  48.24 
 
 		 297 aa  262  6e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.194076 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3505  LysR family transcriptional regulator  48.24 
 
 		 297 aa  262  6e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3429  LysR family transcriptional regulator  48.24 
 
 		 298 aa  259  4e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4094  LysR family transcriptional regulator  47.89 
 
 		 298 aa  256  2e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.987027 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4272  LysR family transcriptional regulator  47.89 
 
 		 298 aa  256  2e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1549  glycine cleavage system transcriptional activator  48.07 
 
 		 296 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 311 aa  175  7e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.42 
 
 		 303 aa  159  4e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.07 
 
 		 303 aa  152  5e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.07 
 
 		 303 aa  152  5e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.19 
 
 		 303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.19 
 
 		 303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 299 aa  151  1e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.07 
 
 		 303 aa  151  1e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.07 
 
 		 303 aa  151  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.07 
 
 		 303 aa  151  2e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.07 
 
 		 303 aa  151  2e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.07 
 
 		 303 aa  151  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.07 
 
 		 303 aa  150  3e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.7 
 
 		 303 aa  150  3e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  33.09 
 
 		 306 aa  149  4e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 306 aa  149  4e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.09 
 
 		 306 aa  149  4e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 305 aa  149  5e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 314 aa  149  6e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 308 aa  149  7e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.21 
 
 		 348 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4077  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.7 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 305 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 299 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 299 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 299 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.85 
 
 		 303 aa  147  3e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 305 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 308 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 306 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  32.88 
 
 		 339 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 343 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 305 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0423  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 305 aa  145  6e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.96 
 
 		 303 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 305 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0449  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.038969  normal  0.109175 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.21 
 
 		 320 aa  142  7e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 292 aa  142  8e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.29 
 
 		 309 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 310 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.61 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.14 
 
 		 303 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.92 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3317  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0797961 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 317 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.57 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 326 aa  140  3e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5833  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 339 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.900971  normal  0.546447 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6059  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 339 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.1 
 
 		 293 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0579  transcriptional regulator, LysR family  30.93 
 
 		 297 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.11 
 
 		 328 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.1 
 
 		 293 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.1 
 
 		 293 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 308 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.29 
 
 		 293 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0181  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.7 
 
 		 320 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 		 321 aa  139  6e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 		 321 aa  139  6e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.27 
 
 		 294 aa  139  6e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 		 321 aa  139  6e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 		 321 aa  139  6e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 		 321 aa  139  6e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 		 321 aa  139  6e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.94 
 
 		 334 aa  139  6e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1259  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 288 aa  139  7e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 294 aa  139  7e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.46 
 
 		 307 aa  138  8.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.83 
 
 		 321 aa  137  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.5 
 
 		 329 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.5 
 
 		 329 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4612  transcriptional regulator, LysR family  32.97 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.524159 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.5 
 
 		 329 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  31.11 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.11 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.25 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.11 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.11 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.11 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.11 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.11 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.87 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.87 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>