More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5833 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5833  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 339 aa  672    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.900971  normal  0.546447 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6059  LysR family transcriptional regulator  98.23 
 
 		 339 aa  661    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5781  LysR family transcriptional regulator  87.42 
 
 		 325 aa  560  1e-158  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6146  LysR family transcriptional regulator  87.42 
 
 		 325 aa  560  1e-158  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.609004 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6626  LysR family transcriptional regulator  87.42 
 
 		 325 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.566332 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7690  LysR family transcriptional regulator  85.58 
 
 		 328 aa  535  1e-151  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.490012 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5986  transcriptional regulator, LysR family  46.27 
 
 		 309 aa  229  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.431484  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6478  transcriptional regulator, LysR family  45.15 
 
 		 309 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5289  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 296 aa  199  6e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.76 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.94 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.94 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.55 
 
 		 294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.94 
 
 		 294 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.94 
 
 		 294 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.15 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.15 
 
 		 294 aa  143  4e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.74 
 
 		 293 aa  143  5e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.74 
 
 		 293 aa  143  5e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.74 
 
 		 293 aa  143  5e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2914  transcriptional regulator, LysR family  32.59 
 
 		 296 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0105427  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3953  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 321 aa  140  3.9999999999999997e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386735  normal  0.188606 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  33.57 
 
 		 305 aa  139  8.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.35 
 
 		 293 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.72 
 
 		 305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 318 aa  135  9e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2548  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  32.74 
 
 		 339 aa  133  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 343 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 299 aa  132  6e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 299 aa  132  6e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 299 aa  132  6e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 299 aa  132  6e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 301 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2086  glycine cleavage system transcriptional activator  36.96 
 
 		 335 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.606063  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3007  transcriptional regulator  36.96 
 
 		 335 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 311 aa  129  6e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4077  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 291 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1259  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 288 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49110  transcriptional regulator  33.88 
 
 		 296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000474321 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 292 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 312 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.73 
 
 		 304 aa  127  4.0000000000000003e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 307 aa  125  8.000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 317 aa  125  8.000000000000001e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4195  transcriptional regulator  35.8 
 
 		 296 aa  125  9e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.140218  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.09 
 
 		 309 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4553  hypothetical protein  32.87 
 
 		 302 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2267  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 302 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000460407  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.94 
 
 		 307 aa  125  1e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3604  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 323 aa  124  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1122  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 311 aa  124  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.73 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 327 aa  124  3e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.94 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  32.94 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.94 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  32.94 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.94 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.94 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.94 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 304 aa  123  4e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.94 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.94 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.94 
 
 		 305 aa  123  6e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 303 aa  122  6e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0418  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 306 aa  122  7e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.302779  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0994  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 327 aa  122  8e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414086  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4031  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 293 aa  121  9.999999999999999e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.252627  normal  0.573525 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5279  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.7008 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1451  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 319 aa  122  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.54 
 
 		 305 aa  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.54 
 
 		 305 aa  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 		 314 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.94 
 
 		 308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.54 
 
 		 305 aa  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2979  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 309 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5874  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 304 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1219  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 304 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 308 aa  120  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0952  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 312 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.953475  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0279  transcriptional regulator, LysR family  32.69 
 
 		 308 aa  120  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.126577  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2855  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 304 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1426  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 306 aa  120  3.9999999999999996e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.16714  normal  0.508277 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4677  transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 		 312 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.14 
 
 		 305 aa  120  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2913  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 		 306 aa  120  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.268989  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.14 
 
 		 305 aa  120  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 308 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.14 
 
 		 305 aa  120  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.14 
 
 		 305 aa  120  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.14 
 
 		 305 aa  120  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3624  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 295 aa  119  6e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0997  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 297 aa  119  6e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0403  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.177749 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4773  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 295 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 305 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>