More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_6146 on replicon NC_008544
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008544  Bcen2424_6146  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 325 aa  645    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.609004 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6626  LysR family transcriptional regulator  98.46 
 
 		 325 aa  635    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.566332 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5781  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 325 aa  645    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5833  LysR family transcriptional regulator  87.42 
 
 		 339 aa  560  1e-158  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.900971  normal  0.546447 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6059  LysR family transcriptional regulator  87.42 
 
 		 339 aa  559  1e-158  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7690  LysR family transcriptional regulator  85.85 
 
 		 328 aa  535  1e-151  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.490012 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5986  transcriptional regulator, LysR family  44.14 
 
 		 309 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.431484  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6478  transcriptional regulator, LysR family  43.45 
 
 		 309 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5289  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 296 aa  199  3.9999999999999996e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.3 
 
 		 294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.34 
 
 		 293 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.34 
 
 		 293 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.34 
 
 		 293 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.3 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.94 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.51 
 
 		 294 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.51 
 
 		 294 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.51 
 
 		 294 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.55 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  33.21 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3953  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 321 aa  137  3.0000000000000003e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386735  normal  0.188606 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2914  transcriptional regulator, LysR family  32.59 
 
 		 296 aa  136  4e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0105427  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4077  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 291 aa  135  8e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1122  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 311 aa  133  3e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3007  transcriptional regulator  37.17 
 
 		 335 aa  133  5e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2086  glycine cleavage system transcriptional activator  37.17 
 
 		 335 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.606063  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.57 
 
 		 305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 312 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1737  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 299 aa  129  6e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0563212 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3604  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2548  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 328 aa  128  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1259  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 288 aa  127  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4031  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 293 aa  125  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.252627  normal  0.573525 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1426  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 306 aa  125  1e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.16714  normal  0.508277 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49110  transcriptional regulator  31.99 
 
 		 296 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000474321 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4987  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 295 aa  124  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 318 aa  124  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0422  transcriptional regulator LysR family  31.71 
 
 		 314 aa  124  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 311 aa  124  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 308 aa  123  4e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4553  hypothetical protein  32.69 
 
 		 302 aa  123  4e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6259  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2267  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 302 aa  123  4e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000460407  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 299 aa  122  7e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1241  transcriptional regulator, LysR family  34.31 
 
 		 314 aa  122  7e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.493733  normal  0.0893214 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 343 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0733  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 323 aa  122  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0403  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.177749 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 299 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  32.87 
 
 		 339 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2291  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.83222 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 299 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1201  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 313 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 299 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6661  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 299 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6426  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 299 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5874  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 304 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 327 aa  119  6e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4269  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 297 aa  119  7e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 310 aa  119  9e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2404  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 305 aa  119  9e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.772401  normal  0.186962 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4210  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0331474  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 310 aa  119  9.999999999999999e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.35 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  29.08 
 
 		 308 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.56 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.14 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2722  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4934  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.449295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 317 aa  118  1.9999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4195  transcriptional regulator  32.6 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.140218  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.75 
 
 		 307 aa  117  3e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0952  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 312 aa  117  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.953475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4773  transcriptional regulator, LysR family  31.74 
 
 		 295 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 292 aa  116  5e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002638  putative transcriptional regulator LysR family  30.77 
 
 		 316 aa  116  6e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0120713  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 304 aa  116  6e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4415  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 299 aa  116  6e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0267331 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4677  transcriptional regulator, LysR family  30.96 
 
 		 312 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.35 
 
 		 305 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  31.35 
 
 		 305 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.35 
 
 		 305 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.35 
 
 		 305 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.35 
 
 		 305 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  31.35 
 
 		 305 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.35 
 
 		 305 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.35 
 
 		 305 aa  115  8.999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.35 
 
 		 305 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0291  transcriptional regulator  34.55 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5279  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.7008 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1451  transcriptional regulator, LysR family  30.24 
 
 		 319 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1219  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.75 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2855  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2913  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.268989  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0572  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.220776  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>