More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4210 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_4210  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
294 aa  586  1e-166  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0331474  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2566  transcriptional regulator, LysR family  45.92 
 
 
297 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3495  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 
296 aa  235  8e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.222915  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3138  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 
296 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.20157 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4109  transcriptional regulator, LysR family  41.78 
 
 
323 aa  230  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4287  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 
295 aa  229  4e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0108565 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4166  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 
318 aa  172  5e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.949115  normal  0.20425 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 
317 aa  160  3e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 
311 aa  160  3e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0291  transcriptional regulator  38.28 
 
 
297 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.61 
 
 
303 aa  151  1e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.95 
 
 
303 aa  150  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.63 
 
 
303 aa  150  3e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 
302 aa  148  9e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.29 
 
 
303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.61 
 
 
303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6772  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 
296 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.61 
 
 
303 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.61 
 
 
303 aa  146  5e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.61 
 
 
303 aa  145  6e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.61 
 
 
303 aa  145  6e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.61 
 
 
303 aa  145  6e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.27 
 
 
303 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.27 
 
 
303 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.27 
 
 
303 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.27 
 
 
303 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.27 
 
 
303 aa  144  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2334  transcriptional regulator, LysR family  32.9 
 
 
318 aa  144  2e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 
318 aa  144  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.53 
 
 
302 aa  143  3e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.25 
 
 
306 aa  142  5e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.27 
 
 
303 aa  142  7e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.08 
 
 
305 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  31.08 
 
 
305 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  31.08 
 
 
305 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.08 
 
 
305 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.08 
 
 
305 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.08 
 
 
305 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.08 
 
 
305 aa  141  9.999999999999999e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0715  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 
321 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.08 
 
 
305 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.08 
 
 
305 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5525  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 
306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.70643  normal  0.485988 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.17 
 
 
301 aa  140  3e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.42 
 
 
303 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.08 
 
 
305 aa  139  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.08 
 
 
305 aa  139  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.08 
 
 
305 aa  139  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.08 
 
 
305 aa  139  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6137  transcriptional regulator, LysR family  35.54 
 
 
296 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.955342  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.08 
 
 
305 aa  139  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.42 
 
 
308 aa  139  4.999999999999999e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 
297 aa  139  6e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1339  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 
312 aa  139  7e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 
295 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.21 
 
 
304 aa  138  8.999999999999999e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.08 
 
 
305 aa  138  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6163  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
292 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.804904  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.08 
 
 
305 aa  138  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.08 
 
 
305 aa  138  1e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.07 
 
 
300 aa  138  1e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1672  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
331 aa  137  2e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.324341  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3605  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 
312 aa  137  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.245309  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 
305 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.52 
 
 
294 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
305 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.52 
 
 
294 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6456  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
306 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.450926  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
305 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
305 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.42 
 
 
307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.42 
 
 
307 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 
327 aa  136  4e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0753  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 
302 aa  136  5e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.83959  normal  0.312946 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.41 
 
 
305 aa  135  7.000000000000001e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 
294 aa  135  8e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 
294 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 
294 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.95 
 
 
294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.74 
 
 
308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 
294 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3624  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 
295 aa  132  5e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1005  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
307 aa  132  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187099  normal  0.59249 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.29 
 
 
310 aa  132  6.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00893  transcription regulator protein  33.22 
 
 
304 aa  132  7.999999999999999e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0257134  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2404  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 
305 aa  132  9e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.772401  normal  0.186962 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1986  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 
304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.412407  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2674  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.910839 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
311 aa  131  1.0000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0698  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
320 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1201  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 
313 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.13 
 
 
300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3159  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
299 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.789389  normal  0.0875309 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 
314 aa  130  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.55 
 
 
322 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.82 
 
 
306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  29.17 
 
 
306 aa  130  3e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 
309 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>