More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0549 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_0549  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  622  1e-177  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0725196  normal  0.266185 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  83.39 
 
 		 301 aa  531  1e-150  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  83.61 
 
 		 301 aa  528  1e-149  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  75 
 
 		 309 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  74.32 
 
 		 312 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0212  LysR family transcriptional regulator  63.18 
 
 		 296 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0028482  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5311  LysR family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 296 aa  396  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256019  normal  0.0494064 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5169  LysR family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 296 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  0.0670669 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5259  LysR family transcriptional regulator  62.71 
 
 		 296 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  60.4 
 
 		 298 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  60.07 
 
 		 298 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  60.4 
 
 		 298 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  60.74 
 
 		 298 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0665  LysR family transcriptional regulator  52.51 
 
 		 304 aa  303  3.0000000000000004e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0688297  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0892  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 325 aa  237  2e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 302 aa  228  8e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 299 aa  227  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  43.34 
 
 		 305 aa  224  1e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  42.61 
 
 		 302 aa  224  2e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 302 aa  224  2e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 305 aa  223  4e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 305 aa  222  7e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 305 aa  222  7e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0879  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 314 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 310 aa  220  1.9999999999999999e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 297 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 297 aa  219  3.9999999999999997e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 300 aa  219  6e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 310 aa  218  1e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 311 aa  211  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 298 aa  210  2e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.27 
 
 		 328 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 306 aa  206  3e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0418  transcriptional regulator, LysR family  41.24 
 
 		 298 aa  206  4e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  38.89 
 
 		 304 aa  204  1e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3783  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 294 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.557524  hitchhiker  0.00000939543 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4000  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 294 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117315 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1983  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 299 aa  202  7e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360577  hitchhiker  0.00420822 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4494  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 294 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1418  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 294 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.380241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 		 302 aa  196  3e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4524  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 308 aa  195  9e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02150  transcription regulator transcription regulator protein  38.83 
 
 		 296 aa  194  1e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 310 aa  194  1e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4071  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 310 aa  194  2e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.07 
 
 		 303 aa  192  6e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 304 aa  192  8e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.66 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 300 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0681  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0776  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.861314  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2084  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0499  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0570  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.546598  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1987  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.58662  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1635  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3409  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 317 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.690541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0894  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2690  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 316 aa  189  4e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.98 
 
 		 303 aa  189  5e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5241  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 317 aa  188  8e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.11151  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0669  transcriptional regulator LysR family  37.63 
 
 		 299 aa  188  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5160  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 317 aa  188  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.709796 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.97 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4055  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 315 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3466  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 315 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 296 aa  187  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2208  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 315 aa  186  4e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.860838  normal  0.101243 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.73 
 
 		 303 aa  186  4e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.32 
 
 		 303 aa  186  4e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.43 
 
 		 305 aa  186  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.43 
 
 		 305 aa  186  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.43 
 
 		 305 aa  186  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.73 
 
 		 303 aa  186  5e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.43 
 
 		 305 aa  186  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.43 
 
 		 305 aa  186  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.73 
 
 		 303 aa  186  5e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.36 
 
 		 303 aa  186  5e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2995  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 297 aa  185  7e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5533  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.04 
 
 		 302 aa  185  7e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  38.57 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.38 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.04 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.38 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.04 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.04 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  38.85 
 
 		 300 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 320 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.04 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.36 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1038  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.143731 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2614  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 320 aa  183  3e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000028926 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2532  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.29 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.37 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.37 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.37 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 306 aa  182  5.0000000000000004e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>