More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_004316 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_004316  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 
293 aa  607  1e-173  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.610995  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01107  transcriptional regulator  66.1 
 
 
297 aa  401  1e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 
295 aa  177  1e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 
295 aa  176  3e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 
295 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 
295 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 
320 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 
320 aa  171  9e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2614  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 
320 aa  169  4e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000028926 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
296 aa  169  6e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3066  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 
296 aa  168  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.249094  hitchhiker  0.00377983 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2847  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 
297 aa  165  9e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1529  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
301 aa  162  7e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 
295 aa  160  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2465  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 
309 aa  159  7e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  unclonable  0.00000370846 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1035  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 
317 aa  146  5e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
309 aa  142  5e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 
297 aa  142  6e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3604  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 
323 aa  142  8e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  31 
 
 
301 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5311  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 
296 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256019  normal  0.0494064 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 
310 aa  140  3e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.67 
 
 
301 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 
301 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 
312 aa  139  7e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 
310 aa  137  2e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3509  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 
300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3360  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.48 
 
 
303 aa  136  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0212  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 
296 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0028482  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 
314 aa  135  6.0000000000000005e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 
300 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 
300 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.25 
 
 
306 aa  135  8e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 
301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 
296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.99 
 
 
301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 
296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 
305 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5169  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 
296 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  0.0670669 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5259  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 
296 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3347  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 
308 aa  132  5e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221177  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4611  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 
299 aa  132  6e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  30.24 
 
 
300 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1545  LysR family substrate binding transcriptional regulator  30.03 
 
 
308 aa  132  7.999999999999999e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 
302 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3997  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 
308 aa  132  9e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.494365 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4145  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 
299 aa  132  9e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.323905 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.3 
 
 
304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 
300 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 
305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 
297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1654  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 
308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0873  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.716768 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1717  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  30.03 
 
 
308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0485219  hitchhiker  0.00103465 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 
296 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0549  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 
301 aa  130  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0725196  normal  0.266185 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 
305 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 
311 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6082  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 
329 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3359  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 
296 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0418  transcriptional regulator, LysR family  30.63 
 
 
298 aa  129  6e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 
305 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.85 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.85 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.85 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  29.66 
 
 
311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.85 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.85 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.63 
 
 
305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  31.63 
 
 
305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.63 
 
 
305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.53 
 
 
305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.63 
 
 
305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.67 
 
 
328 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 
298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.48 
 
 
302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.58 
 
 
306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  31.63 
 
 
305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.63 
 
 
305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  30.58 
 
 
306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.53 
 
 
305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.63 
 
 
305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.63 
 
 
305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.63 
 
 
305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.53 
 
 
305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  28 
 
 
311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  28.34 
 
 
339 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 
343 aa  126  3e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  30.24 
 
 
299 aa  127  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 
301 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 
299 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.62 
 
 
307 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 
299 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 
299 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.96 
 
 
293 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.31 
 
 
305 aa  126  4.0000000000000003e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 
299 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3697  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 
290 aa  126  5e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0997  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 
297 aa  126  5e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4256  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 
291 aa  125  7e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00267283 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>