More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_01107 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_01107  transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  616  1e-175  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004316  transcriptional regulator LysR family  66.1 
 
 		 293 aa  414  9.999999999999999e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.610995  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3066  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 296 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.249094  hitchhiker  0.00377983 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 296 aa  148  9e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 295 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 295 aa  146  5e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 320 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 320 aa  145  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2614  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 320 aa  143  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000028926 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2465  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 309 aa  142  6e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000370846 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1529  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 301 aa  142  7e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.82 
 
 		 301 aa  139  6e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.2 
 
 		 328 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0212  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 296 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0028482  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 312 aa  136  4e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 309 aa  136  5e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2847  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 297 aa  136  5e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5311  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 296 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256019  normal  0.0494064 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  30.95 
 
 		 302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 299 aa  132  5e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 302 aa  132  5e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5259  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 296 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5169  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 296 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  0.0670669 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  27.89 
 
 		 306 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 296 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 296 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4145  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.323905 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  27.93 
 
 		 311 aa  127  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.76 
 
 		 293 aa  127  3e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4611  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 299 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0549  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 301 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0725196  normal  0.266185 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 		 314 aa  126  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 296 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.41 
 
 		 293 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.41 
 
 		 293 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.41 
 
 		 293 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.24 
 
 		 306 aa  125  1e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 295 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.39 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 298 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3509  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  31 
 
 		 323 aa  123  4e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 298 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0418  transcriptional regulator, LysR family  29.72 
 
 		 298 aa  122  5e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 298 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  27.34 
 
 		 304 aa  122  5e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 298 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.24 
 
 		 294 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3604  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 323 aa  122  7e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.24 
 
 		 294 aa  122  7e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 298 aa  122  8e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  28.22 
 
 		 311 aa  122  9e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.05 
 
 		 294 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2767  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  27.87 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  27.67 
 
 		 302 aa  120  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.1 
 
 		 305 aa  119  3.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.1 
 
 		 305 aa  119  3.9999999999999996e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.45 
 
 		 305 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.1 
 
 		 305 aa  119  3.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 305 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 305 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 305 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0529  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 347 aa  119  6e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.438898  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0722  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 309 aa  119  7e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.59 
 
 		 306 aa  119  7e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1005  LysR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 307 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187099  normal  0.59249 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.38 
 
 		 294 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.9 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.21 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3744  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0997  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.54 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.1 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.1 
 
 		 305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3360  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.16 
 
 		 303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.04 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.04 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 296 aa  116  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5786  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 330 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6151  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 330 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.410647  normal  0.467276 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.14 
 
 		 305 aa  116  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.14 
 
 		 305 aa  116  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.14 
 
 		 305 aa  116  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>