More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_5473 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_5473  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  604  9.999999999999999e-173  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0783  transcriptional regulator, LysR family  69.73 
 
 		 300 aa  397  9.999999999999999e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.530493  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0854  LysR family transcriptional regulator  69.73 
 
 		 300 aa  397  1e-109  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3360  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  52 
 
 		 303 aa  279  5e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3509  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 300 aa  265  1e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 300 aa  229  3e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5220  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 308 aa  219  3e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.329091 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 297 aa  217  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3679  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 310 aa  204  1e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 304 aa  190  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4357  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 303 aa  186  5e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.67748 
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 310 aa  185  7e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3347  transcriptional regulator, LysR family  39.04 
 
 		 308 aa  179  7e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221177  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3997  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 308 aa  178  9e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.494365 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5204  transcriptional regulator, LysR family  36.89 
 
 		 309 aa  176  4e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.04 
 
 		 314 aa  176  5e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 305 aa  172  5e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 296 aa  171  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  36.39 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 302 aa  169  8e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0878  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 336 aa  166  5.9999999999999996e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3282  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.355799  normal  0.889807 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.15 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4782  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 298 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.319472  normal  0.896768 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  35.42 
 
 		 305 aa  162  6e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4494  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1418  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.380241  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5489  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.407046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5371  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3783  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 294 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.557524  hitchhiker  0.00000939543 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2690  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 316 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4000  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117315 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6038  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 330 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904291  normal  0.627469 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  34.53 
 
 		 304 aa  157  3e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3409  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 317 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.690541  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1529  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 301 aa  154  1e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5241  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 317 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.11151  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4635  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.258134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.38 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3466  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 315 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4055  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 315 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1256  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 310 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.196796  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2978  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 317 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02150  transcription regulator transcription regulator protein  34.12 
 
 		 296 aa  153  4e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0894  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 302 aa  153  4e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5808  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 296 aa  153  4e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2208  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 315 aa  152  5.9999999999999996e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.860838  normal  0.101243 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 320 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1990  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 298 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288797  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 305 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2084  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 302 aa  152  7e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0776  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 302 aa  152  7e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.861314  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0499  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 302 aa  152  7e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0681  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 302 aa  152  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0570  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 302 aa  152  7e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.546598  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 305 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 320 aa  152  7e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1987  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 302 aa  152  7e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.58662  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1635  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 302 aa  152  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2772  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 310 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.500434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 		 294 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2614  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 320 aa  151  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000028926 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0350  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 311 aa  151  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 		 294 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2406  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 		 317 aa  150  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0822  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 298 aa  151  2e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1824  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 298 aa  151  2e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.381841  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2086  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 298 aa  151  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 295 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 296 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1113  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 298 aa  151  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.379059  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  34.03 
 
 		 295 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 295 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2532  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.88 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  34.01 
 
 		 299 aa  150  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5160  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 317 aa  150  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.709796 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4608  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 332 aa  149  4e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.960011  normal  0.108983 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 295 aa  150  4e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6151  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 330 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.410647  normal  0.467276 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5786  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 330 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0444  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 298 aa  149  4e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.641872  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6631  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 343 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1783  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 298 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 295 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.37 
 
 		 328 aa  149  6e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 296 aa  149  6e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 296 aa  149  6e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2804  transcriptional regulator, LysR family  35.91 
 
 		 301 aa  149  8e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.860406  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 298 aa  149  8e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.33 
 
 		 294 aa  148  9e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0879  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>