More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2114 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2114  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  620  1e-177  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.28902  normal  0.253639 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0474  transcriptional regulator CatR  58.02 
 
 		 306 aa  338  7e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1424  transcriptional regulator, LysR family  57.29 
 
 		 303 aa  337  9.999999999999999e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.442699 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  54.87 
 
 		 305 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3601  LysR family transcriptional regulator  55.19 
 
 		 305 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.773221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5457  LysR family transcriptional regulator  55.19 
 
 		 305 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2580  ben operon transcriptional regulator BenM  57 
 
 		 306 aa  333  2e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  54.87 
 
 		 326 aa  333  2e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  54.87 
 
 		 326 aa  333  2e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2154  transcriptional regulator, LysR family  55.29 
 
 		 295 aa  333  2e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  54.87 
 
 		 326 aa  333  2e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4401  LysR family transcriptional regulator  56.21 
 
 		 305 aa  332  4e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0999  transcriptional regulator CatR  56.66 
 
 		 304 aa  332  5e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1361  ben operon transcriptional regulator BenM  56.66 
 
 		 306 aa  331  1e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232512  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0188  transcriptional regulator CatR  56.66 
 
 		 304 aa  330  1e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0666967  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0216  ben operon transcriptional regulator BenM  56.66 
 
 		 306 aa  331  1e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1360  transcriptional regulator, LysR family  56.61 
 
 		 303 aa  331  1e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325341  normal  0.0430016 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2724  ben operon transcriptional regulator BenM  56.66 
 
 		 306 aa  331  1e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1557  ben operon transcriptional regulator BenM  56.66 
 
 		 306 aa  331  1e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2107  LysR family transcriptional regulator  55.29 
 
 		 295 aa  329  3e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.329852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4030  LysR family transcriptional regulator  57.34 
 
 		 296 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.3967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5353  LysR family transcriptional regulator  52.73 
 
 		 307 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.532482 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3244  LysR family transcriptional regulator  53.4 
 
 		 316 aa  325  7e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.634923  normal  0.10907 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1589  transcriptional regulator, LysR family  53.67 
 
 		 307 aa  324  1e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0916  LysR family transcriptional regulator  53.67 
 
 		 305 aa  322  8e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.611527 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4880  LysR family transcriptional regulator  54.95 
 
 		 305 aa  321  9.000000000000001e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.839587  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0486  transcriptional regulator CatR  56.36 
 
 		 295 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0201  transcriptional regulator CatR  56.01 
 
 		 295 aa  320  3e-86  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1376  cat operon transcriptional activator CatR  56.01 
 
 		 295 aa  320  3e-86  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.345874  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0232  cat operon transcriptional activator CatR  56.45 
 
 		 295 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.691367  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1573  cat operon transcriptional activator CatR  56.45 
 
 		 295 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2709  cat operon transcriptional activator CatR  55.67 
 
 		 295 aa  318  1e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.393204  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0985  transcriptional regulator CatR  55.67 
 
 		 295 aa  318  1e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2565  cat operon transcriptional activator CatR  55.67 
 
 		 295 aa  318  1e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2327  LysR family transcriptional regulator  57.19 
 
 		 296 aa  316  4e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3663  LysR family transcriptional regulator  56.83 
 
 		 296 aa  315  6e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.148857  normal  0.207098 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3771  LysR family transcriptional regulator  56.47 
 
 		 296 aa  311  1e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.382888  normal  0.377047 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4592  LysR family transcriptional regulator  56.47 
 
 		 296 aa  311  1e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3752  LysR family transcriptional regulator  56.47 
 
 		 296 aa  311  1e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.138543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4959  LysR family transcriptional regulator  56.83 
 
 		 298 aa  310  2e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5500  LysR family transcriptional regulator  56.83 
 
 		 296 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4359  LysR family transcriptional regulator  51.86 
 
 		 303 aa  301  1e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0974  LysR family transcriptional regulator  52.86 
 
 		 299 aa  298  7e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.561685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1131  LysR family transcriptional regulator  52.03 
 
 		 310 aa  293  2e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2633  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 305 aa  281  7.000000000000001e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.787388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  52.13 
 
 		 293 aa  281  7.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32200  transcriptional regulator CatR  53.05 
 
 		 290 aa  280  3e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.156456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0537  LysR family transcriptional regulator  48.87 
 
 		 308 aa  278  6e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.747405  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1323  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 302 aa  278  7e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0574194 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2728  transcriptional regulator CatR  52.33 
 
 		 290 aa  276  4e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.705186  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4879  LysR family transcriptional regulator  50.9 
 
 		 291 aa  274  1.0000000000000001e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1271  LysR family transcriptional regulator  47.16 
 
 		 305 aa  273  3e-72  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0459918  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1173  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 319 aa  269  5e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2203  LysR family transcriptional regulator  50.54 
 
 		 290 aa  266  4e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.262675 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3716  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 290 aa  265  5e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.294124 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2367  transcriptional regulator, LysR family  51.88 
 
 		 301 aa  265  5.999999999999999e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2052  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 300 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.251194  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08760  Transcriptional regulator, LysR family  49.48 
 
 		 306 aa  261  8.999999999999999e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.139187  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3827  LysR family transcriptional regulator  46.72 
 
 		 304 aa  248  1e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.645077  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3044  LysR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 301 aa  222  7e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.727695 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  43.02 
 
 		 292 aa  202  6e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1108  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 337 aa  196  3e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.102258 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 298 aa  195  1e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  42.29 
 
 		 296 aa  194  2e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  41.94 
 
 		 296 aa  192  8e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1313  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 341 aa  190  2.9999999999999997e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000621922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 296 aa  189  5e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 295 aa  188  9e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  42.69 
 
 		 296 aa  188  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 300 aa  187  1e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  42.81 
 
 		 297 aa  186  4e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1196  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 320 aa  186  5e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.25 
 
 		 296 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6115  transcriptional regulator, LysR family  41.35 
 
 		 299 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  41.53 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 302 aa  182  8.000000000000001e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08550  Transcriptional regulator, LysR family  42.31 
 
 		 307 aa  182  9.000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.763554  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 305 aa  182  9.000000000000001e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.86 
 
 		 300 aa  181  2e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  44.4 
 
 		 323 aa  181  2e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  38.72 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  38.72 
 
 		 301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  37.83 
 
 		 306 aa  179  4e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  41.4 
 
 		 308 aa  179  4e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 305 aa  179  4.999999999999999e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2312  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 302 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.015479  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  38.38 
 
 		 301 aa  179  7e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 301 aa  179  7e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 301 aa  179  7e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  38.38 
 
 		 301 aa  179  7e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  38.38 
 
 		 301 aa  179  7e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 299 aa  179  8e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 299 aa  179  8e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 302 aa  178  9e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7097  transcriptional regulator, LysR family  40.4 
 
 		 296 aa  175  7e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.785925  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 299 aa  175  9e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0544  transcriptional regulator, LysR family  40.36 
 
 		 295 aa  174  1.9999999999999998e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>