More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_1589 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_1589  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 307 aa  617  1e-176  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5353  LysR family transcriptional regulator  81.37 
 
 		 307 aa  509  1e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.532482 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1557  ben operon transcriptional regulator BenM  81.06 
 
 		 306 aa  503  1e-141  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0188  transcriptional regulator CatR  81.06 
 
 		 304 aa  503  1e-141  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0666967  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0999  transcriptional regulator CatR  80.73 
 
 		 304 aa  503  1e-141  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2580  ben operon transcriptional regulator BenM  81.06 
 
 		 306 aa  503  1e-141  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0216  ben operon transcriptional regulator BenM  81.06 
 
 		 306 aa  503  1e-141  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2724  ben operon transcriptional regulator BenM  81.06 
 
 		 306 aa  503  1e-141  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1361  ben operon transcriptional regulator BenM  81.06 
 
 		 306 aa  503  1e-141  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232512  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  80.07 
 
 		 305 aa  498  1e-140  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0474  transcriptional regulator CatR  79.73 
 
 		 306 aa  499  1e-140  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  80.4 
 
 		 326 aa  496  1e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0916  LysR family transcriptional regulator  80.07 
 
 		 305 aa  496  1e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.611527 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3601  LysR family transcriptional regulator  80.4 
 
 		 305 aa  496  1e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.773221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  80.4 
 
 		 326 aa  496  1e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  80.4 
 
 		 326 aa  496  1e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5457  LysR family transcriptional regulator  80.4 
 
 		 305 aa  495  1e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4401  LysR family transcriptional regulator  77.93 
 
 		 305 aa  485  1e-136  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3244  LysR family transcriptional regulator  76.87 
 
 		 316 aa  485  1e-136  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.634923  normal  0.10907 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4880  LysR family transcriptional regulator  77.41 
 
 		 305 aa  483  1e-135  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.839587  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1424  transcriptional regulator, LysR family  72.58 
 
 		 303 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.442699 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1360  transcriptional regulator, LysR family  71.91 
 
 		 303 aa  441  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325341  normal  0.0430016 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2114  LysR family transcriptional regulator  53.67 
 
 		 313 aa  324  1e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.28902  normal  0.253639 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1271  LysR family transcriptional regulator  52 
 
 		 305 aa  322  6e-87  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0459918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0974  LysR family transcriptional regulator  55.29 
 
 		 299 aa  315  5e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.561685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4359  LysR family transcriptional regulator  55.1 
 
 		 303 aa  311  1e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2154  transcriptional regulator, LysR family  56.12 
 
 		 295 aa  310  2e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2107  LysR family transcriptional regulator  53.92 
 
 		 295 aa  309  4e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.329852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4030  LysR family transcriptional regulator  56.83 
 
 		 296 aa  308  6.999999999999999e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.3967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0985  transcriptional regulator CatR  54.12 
 
 		 295 aa  305  7e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2565  cat operon transcriptional activator CatR  54.12 
 
 		 295 aa  305  7e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2709  cat operon transcriptional activator CatR  54.12 
 
 		 295 aa  305  7e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.393204  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1131  LysR family transcriptional regulator  52.7 
 
 		 310 aa  304  1.0000000000000001e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0232  cat operon transcriptional activator CatR  54.12 
 
 		 295 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.691367  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1573  cat operon transcriptional activator CatR  54.12 
 
 		 295 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0201  transcriptional regulator CatR  54.12 
 
 		 295 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0486  transcriptional regulator CatR  54.48 
 
 		 295 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1376  cat operon transcriptional activator CatR  54.12 
 
 		 295 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.345874  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3663  LysR family transcriptional regulator  55.76 
 
 		 296 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.148857  normal  0.207098 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2327  LysR family transcriptional regulator  55.4 
 
 		 296 aa  300  3e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4959  LysR family transcriptional regulator  55.76 
 
 		 298 aa  297  1e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3752  LysR family transcriptional regulator  54.68 
 
 		 296 aa  294  1e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.138543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3771  LysR family transcriptional regulator  54.68 
 
 		 296 aa  294  1e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.382888  normal  0.377047 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4592  LysR family transcriptional regulator  54.68 
 
 		 296 aa  294  1e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1173  LysR family transcriptional regulator  49.03 
 
 		 319 aa  290  2e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5500  LysR family transcriptional regulator  55.76 
 
 		 296 aa  290  2e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0537  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 308 aa  281  7.000000000000001e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.747405  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2633  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 305 aa  280  2e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.787388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32200  transcriptional regulator CatR  52.23 
 
 		 290 aa  280  2e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.156456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2728  transcriptional regulator CatR  52.23 
 
 		 290 aa  279  5e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.705186  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1323  LysR family transcriptional regulator  49.5 
 
 		 302 aa  265  8e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0574194 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4879  LysR family transcriptional regulator  50.54 
 
 		 291 aa  263  2e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  48.8 
 
 		 293 aa  262  4e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3716  LysR family transcriptional regulator  48.79 
 
 		 290 aa  260  2e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.294124 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2367  transcriptional regulator, LysR family  51.83 
 
 		 301 aa  260  2e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2052  LysR family transcriptional regulator  48.79 
 
 		 300 aa  260  2e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.251194  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2203  LysR family transcriptional regulator  48.79 
 
 		 290 aa  259  3e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.262675 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08760  Transcriptional regulator, LysR family  47.29 
 
 		 306 aa  239  5.999999999999999e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.139187  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3827  LysR family transcriptional regulator  45.26 
 
 		 304 aa  237  2e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.645077  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3044  LysR family transcriptional regulator  45.29 
 
 		 301 aa  231  1e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.727695 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1108  LysR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 337 aa  218  1e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.102258 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1313  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 341 aa  211  2e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000621922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 298 aa  209  4e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  44.87 
 
 		 296 aa  203  3e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  41.09 
 
 		 292 aa  202  8e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  44.49 
 
 		 296 aa  201  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  40 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  40 
 
 		 301 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  39.66 
 
 		 301 aa  199  3e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 301 aa  199  3e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 301 aa  199  3e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 302 aa  200  3e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  39.66 
 
 		 301 aa  199  3e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  39.66 
 
 		 301 aa  199  3e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 296 aa  199  3.9999999999999996e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  39.25 
 
 		 299 aa  199  6e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  39.25 
 
 		 299 aa  199  6e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1196  LysR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 320 aa  198  7.999999999999999e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 305 aa  195  7e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 298 aa  187  1e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 300 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08550  Transcriptional regulator, LysR family  38.08 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.763554  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 300 aa  181  2e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2312  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.015479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6115  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 299 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.55 
 
 		 300 aa  179  5.999999999999999e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5056  LysR family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 375 aa  177  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0334022  normal  0.243634 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 296 aa  177  3e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 323 aa  176  4e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3676  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 317 aa  176  5e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0866147  normal  0.208358 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 297 aa  176  5e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  39.39 
 
 		 306 aa  176  5e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>