More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1173 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1173  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 319 aa  633  1e-180  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1131  LysR family transcriptional regulator  56.54 
 
 		 310 aa  348  5e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1589  transcriptional regulator, LysR family  49.03 
 
 		 307 aa  296  3e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2633  LysR family transcriptional regulator  51.69 
 
 		 305 aa  291  8e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.787388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0916  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 305 aa  291  1e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.611527 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3244  LysR family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 316 aa  290  2e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.634923  normal  0.10907 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2154  transcriptional regulator, LysR family  49.66 
 
 		 295 aa  289  4e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 305 aa  288  9e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5353  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 307 aa  286  2e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.532482 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3601  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 305 aa  286  4e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.773221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 326 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0985  transcriptional regulator CatR  52.36 
 
 		 295 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 326 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0486  transcriptional regulator CatR  52.74 
 
 		 295 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2709  cat operon transcriptional activator CatR  52.36 
 
 		 295 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.393204  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2565  cat operon transcriptional activator CatR  52.36 
 
 		 295 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 326 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5457  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 305 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4880  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 305 aa  284  1.0000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.839587  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0474  transcriptional regulator CatR  48.5 
 
 		 306 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4030  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 296 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.3967  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0201  transcriptional regulator CatR  52.03 
 
 		 295 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1376  cat operon transcriptional activator CatR  52.03 
 
 		 295 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.345874  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2107  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 295 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.329852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1573  cat operon transcriptional activator CatR  52.03 
 
 		 295 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0232  cat operon transcriptional activator CatR  52.03 
 
 		 295 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.691367  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2580  ben operon transcriptional regulator BenM  49.15 
 
 		 306 aa  281  7.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1361  ben operon transcriptional regulator BenM  49.15 
 
 		 306 aa  281  1e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232512  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0216  ben operon transcriptional regulator BenM  49.15 
 
 		 306 aa  281  1e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0188  transcriptional regulator CatR  49.15 
 
 		 304 aa  281  1e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0666967  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0999  transcriptional regulator CatR  48.81 
 
 		 304 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1557  ben operon transcriptional regulator BenM  49.15 
 
 		 306 aa  281  1e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2724  ben operon transcriptional regulator BenM  49.15 
 
 		 306 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1360  transcriptional regulator, LysR family  49.33 
 
 		 303 aa  280  2e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325341  normal  0.0430016 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4401  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 305 aa  280  2e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4359  LysR family transcriptional regulator  51.36 
 
 		 303 aa  280  3e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1424  transcriptional regulator, LysR family  49.33 
 
 		 303 aa  279  5e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.442699 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0537  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 308 aa  277  2e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.747405  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2114  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 313 aa  276  4e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.28902  normal  0.253639 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1323  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 302 aa  275  8e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0574194 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0974  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 299 aa  272  6e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.561685  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4959  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 298 aa  270  2e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4879  LysR family transcriptional regulator  51.24 
 
 		 291 aa  270  2e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3663  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 296 aa  267  2e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.148857  normal  0.207098 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3752  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 296 aa  264  1e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.138543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2327  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 296 aa  265  1e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3771  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 296 aa  264  1e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.382888  normal  0.377047 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4592  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 296 aa  264  1e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3827  LysR family transcriptional regulator  48.18 
 
 		 304 aa  260  2e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.645077  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32200  transcriptional regulator CatR  49.83 
 
 		 290 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.156456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5500  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 296 aa  257  2e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2203  LysR family transcriptional regulator  49.14 
 
 		 290 aa  256  3e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.262675 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3716  LysR family transcriptional regulator  49.14 
 
 		 290 aa  256  4e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.294124 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2728  transcriptional regulator CatR  49.13 
 
 		 290 aa  255  6e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.705186  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2052  LysR family transcriptional regulator  48.8 
 
 		 300 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.251194  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  47.55 
 
 		 293 aa  252  6e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2367  transcriptional regulator, LysR family  49.15 
 
 		 301 aa  246  3e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1271  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 305 aa  242  6e-63  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0459918  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08760  Transcriptional regulator, LysR family  44.33 
 
 		 306 aa  225  7e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.139187  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3044  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 301 aa  209  4e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.727695 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1196  LysR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 320 aa  185  7e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1313  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 341 aa  178  1e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000621922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1108  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 337 aa  177  2e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.102258 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  38.85 
 
 		 292 aa  176  3e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  39.78 
 
 		 296 aa  176  4e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 296 aa  174  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2312  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 302 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.015479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  39.07 
 
 		 296 aa  172  5e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6115  transcriptional regulator, LysR family  38.03 
 
 		 299 aa  172  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  40.48 
 
 		 301 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 301 aa  169  6e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 298 aa  169  8e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  39.57 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.01 
 
 		 296 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 295 aa  166  6.9999999999999995e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.35 
 
 		 300 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 297 aa  164  3e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 302 aa  163  3e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 289 aa  162  5.0000000000000005e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5056  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 375 aa  162  8.000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0334022  normal  0.243634 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  38.65 
 
 		 297 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 304 aa  161  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  36.82 
 
 		 304 aa  161  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3722  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 298 aa  158  9e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 305 aa  158  2e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08550  Transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 307 aa  157  3e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.763554  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  39.2 
 
 		 306 aa  155  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 		 308 aa  155  1e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 300 aa  155  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1775  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 296 aa  155  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310759  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 300 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3053  LysR family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1832  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2265  LysR family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503277  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>