More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2052 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2052  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.251194  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3716  LysR family transcriptional regulator  98.97 
 
 		 290 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.294124 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2203  LysR family transcriptional regulator  94.48 
 
 		 290 aa  552  1e-156  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.262675 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32200  transcriptional regulator CatR  74.74 
 
 		 290 aa  430  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.156456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2728  transcriptional regulator CatR  73.68 
 
 		 290 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.705186  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4879  LysR family transcriptional regulator  58.08 
 
 		 291 aa  329  4e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  58.9 
 
 		 293 aa  328  5.0000000000000004e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08760  Transcriptional regulator, LysR family  52.78 
 
 		 306 aa  278  1e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.139187  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4359  LysR family transcriptional regulator  50.35 
 
 		 303 aa  277  2e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0474  transcriptional regulator CatR  51.56 
 
 		 306 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0916  LysR family transcriptional regulator  51.21 
 
 		 305 aa  269  4e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.611527 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3244  LysR family transcriptional regulator  52.58 
 
 		 316 aa  269  5e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.634923  normal  0.10907 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4401  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 305 aa  267  1e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1424  transcriptional regulator, LysR family  51.74 
 
 		 303 aa  267  2e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.442699 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0999  transcriptional regulator CatR  51.21 
 
 		 304 aa  266  2e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1360  transcriptional regulator, LysR family  51.74 
 
 		 303 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325341  normal  0.0430016 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2580  ben operon transcriptional regulator BenM  51.21 
 
 		 306 aa  265  5e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0216  ben operon transcriptional regulator BenM  51.21 
 
 		 306 aa  265  8e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1361  ben operon transcriptional regulator BenM  51.21 
 
 		 306 aa  265  8e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232512  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1557  ben operon transcriptional regulator BenM  51.21 
 
 		 306 aa  265  8e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2724  ben operon transcriptional regulator BenM  51.21 
 
 		 306 aa  265  8e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0188  transcriptional regulator CatR  51.21 
 
 		 304 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0666967  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  51.21 
 
 		 305 aa  264  1e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2114  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 313 aa  265  1e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.28902  normal  0.253639 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3601  LysR family transcriptional regulator  50.87 
 
 		 305 aa  263  3e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.773221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5457  LysR family transcriptional regulator  50.87 
 
 		 305 aa  263  3e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5353  LysR family transcriptional regulator  50.87 
 
 		 307 aa  261  8e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.532482 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4880  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 305 aa  261  8.999999999999999e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.839587  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  50.87 
 
 		 326 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  50.87 
 
 		 326 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  50.87 
 
 		 326 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1589  transcriptional regulator, LysR family  48.79 
 
 		 307 aa  260  2e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0974  LysR family transcriptional regulator  49.13 
 
 		 299 aa  259  3e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.561685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1131  LysR family transcriptional regulator  48.8 
 
 		 310 aa  259  4e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2633  LysR family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 305 aa  251  8.000000000000001e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.787388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2154  transcriptional regulator, LysR family  49.29 
 
 		 295 aa  250  2e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0486  transcriptional regulator CatR  51.25 
 
 		 295 aa  250  2e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4959  LysR family transcriptional regulator  49.65 
 
 		 298 aa  250  2e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0985  transcriptional regulator CatR  50.54 
 
 		 295 aa  249  6e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2565  cat operon transcriptional activator CatR  50.54 
 
 		 295 aa  249  6e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2709  cat operon transcriptional activator CatR  50.54 
 
 		 295 aa  249  6e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.393204  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0201  transcriptional regulator CatR  50.54 
 
 		 295 aa  247  1e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0232  cat operon transcriptional activator CatR  50.54 
 
 		 295 aa  247  1e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.691367  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1573  cat operon transcriptional activator CatR  50.54 
 
 		 295 aa  247  1e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1376  cat operon transcriptional activator CatR  50.54 
 
 		 295 aa  247  1e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.345874  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4030  LysR family transcriptional regulator  49.82 
 
 		 296 aa  247  2e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.3967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3663  LysR family transcriptional regulator  48.95 
 
 		 296 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.148857  normal  0.207098 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2107  LysR family transcriptional regulator  48.93 
 
 		 295 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.329852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2327  LysR family transcriptional regulator  49.64 
 
 		 296 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1173  LysR family transcriptional regulator  48.8 
 
 		 319 aa  242  6e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3044  LysR family transcriptional regulator  44.86 
 
 		 301 aa  240  2e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.727695 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3752  LysR family transcriptional regulator  49.27 
 
 		 296 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.138543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4592  LysR family transcriptional regulator  49.27 
 
 		 296 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3771  LysR family transcriptional regulator  49.27 
 
 		 296 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.382888  normal  0.377047 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5500  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 296 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0537  LysR family transcriptional regulator  46.59 
 
 		 308 aa  238  1e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.747405  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3827  LysR family transcriptional regulator  47.81 
 
 		 304 aa  229  3e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.645077  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1323  LysR family transcriptional regulator  46.07 
 
 		 302 aa  224  2e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0574194 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2367  transcriptional regulator, LysR family  47.67 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1271  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 305 aa  213  2.9999999999999995e-54  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0459918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 296 aa  200  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  41.07 
 
 		 296 aa  196  3e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  40.71 
 
 		 296 aa  195  7e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2312  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.015479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 295 aa  186  4e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1108  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 337 aa  185  7e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.102258 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 298 aa  185  8e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6115  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08550  Transcriptional regulator, LysR family  38.23 
 
 		 307 aa  182  7e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.763554  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  39.65 
 
 		 292 aa  180  2e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  37.32 
 
 		 301 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  37.32 
 
 		 301 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 301 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 301 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  37.32 
 
 		 301 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  37.32 
 
 		 301 aa  179  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1313  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 341 aa  179  7e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000621922  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  37.32 
 
 		 301 aa  178  9e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  37.32 
 
 		 299 aa  177  1e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  37.32 
 
 		 299 aa  177  1e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  39.24 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 308 aa  176  6e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5056  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 375 aa  174  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0334022  normal  0.243634 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 293 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 297 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.04 
 
 		 296 aa  172  5e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  37.36 
 
 		 304 aa  172  5.999999999999999e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 301 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1196  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 320 aa  171  2e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  38.31 
 
 		 301 aa  170  3e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 302 aa  169  4e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.4 
 
 		 300 aa  168  9e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  37.36 
 
 		 304 aa  168  9e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  35.91 
 
 		 308 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  35.91 
 
 		 308 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4202  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 295 aa  166  5e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.932359  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>