More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3205 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3205  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 314 aa  633  1e-180  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0687  LysR family transcriptional regulator  56.06 
 
 		 328 aa  317  2e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.730291 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1183  LysR family transcriptional regulator  52.07 
 
 		 297 aa  316  3e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3552  LysR family transcriptional regulator  52.07 
 
 		 297 aa  316  3e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.964874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2993  LysR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 319 aa  315  5e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.462363 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3223  LysR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 315 aa  310  2e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.042632  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3097  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 		 319 aa  301  1e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3862  LysR family transcriptional regulator  46.44 
 
 		 341 aa  268  1e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.910956  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0606  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 305 aa  255  8e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.348425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3989  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 336 aa  243  3.9999999999999997e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0119211  normal  0.0654574 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3838  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 327 aa  234  1.0000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.204635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0804  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 321 aa  228  8e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3527  LysR family transcriptional regulator  43.12 
 
 		 324 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0977004 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0498  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 332 aa  216  4e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.282116  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0738  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 314 aa  183  3e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3703  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 315 aa  179  7e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1471  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 332 aa  177  3e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0157  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 295 aa  172  7.999999999999999e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2313  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 327 aa  170  3e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.344655  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1510  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 276 aa  162  9e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0433683  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0553  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 293 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0307  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 298 aa  149  5e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7451  putative transcriptional regulator  33.79 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193814  normal  0.890359 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  30.88 
 
 		 301 aa  143  3e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3084  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 296 aa  142  8e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1342  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.318091  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 302 aa  139  7e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2612  DNA-binding transcriptional activator XapR  30.21 
 
 		 294 aa  136  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0177144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2654  DNA-binding transcriptional activator XapR  29.86 
 
 		 294 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00016667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2784  DNA-binding transcriptional activator XapR  29.86 
 
 		 294 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00240936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2678  DNA-binding transcriptional activator XapR  29.86 
 
 		 294 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0441451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2563  DNA-binding transcriptional activator XapR  29.86 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000012261  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5843  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 304 aa  132  5e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000271378 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1258  transcriptional regulator, LysR family  29.58 
 
 		 294 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000639687  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 323 aa  132  9e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0152  transcriptional regulator, LysR family  31.53 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.393989  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3013  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 293 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 291 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2932  DNA-binding transcriptional activator XapR  29.51 
 
 		 294 aa  129  8.000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000456471  normal  0.0988351 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 291 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2558  DNA-binding transcriptional activator XapR  30.5 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000632847  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 290 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 290 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 290 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  28.72 
 
 		 301 aa  127  3e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 301 aa  127  3e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 301 aa  127  3e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  28.72 
 
 		 301 aa  127  3e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 293 aa  127  3e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  28.72 
 
 		 301 aa  127  3e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 302 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  32.32 
 
 		 295 aa  127  4.0000000000000003e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 292 aa  126  5e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  28.37 
 
 		 301 aa  125  6e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4305  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 294 aa  125  7e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.201551 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 299 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  28.37 
 
 		 301 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 299 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 298 aa  125  1e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.15 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  34.87 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1156  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4596  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00651674 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4974  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 301 aa  124  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19467  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 301 aa  123  3e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 296 aa  123  3e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3618  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 303 aa  123  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4749  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 303 aa  123  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0228204 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4923  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 299 aa  122  8e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  29.17 
 
 		 292 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 305 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  29.17 
 
 		 292 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3363  hypothetical protein  29.17 
 
 		 292 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.354704  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4132  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 303 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.977393  normal  0.0579117 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3927  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 303 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1900  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 300 aa  119  7.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1001  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.411347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0551  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.863373 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7143  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297032  normal  0.653171 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0617  transcriptional regulator, LysR family  28.76 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 296 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5534  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 306 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.162022  normal  0.470463 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3296  StmR  28.82 
 
 		 292 aa  116  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.618402 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0252  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 216 aa  116  5e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.682198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4124  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 299 aa  116  6e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 297 aa  115  6.9999999999999995e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 296 aa  115  7.999999999999999e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2064  transcriptional regulator, LysR family  34.1 
 
 		 306 aa  115  7.999999999999999e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.053811  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0331  transcriptional regulator, LysR family  34.1 
 
 		 306 aa  115  7.999999999999999e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.172645  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  33.47 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0834  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 319 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>