More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0804 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A0804  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 321 aa  654    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3205  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 314 aa  228  8e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1183  LysR family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 297 aa  203  3e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3552  LysR family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 297 aa  203  3e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.964874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3223  LysR family transcriptional regulator  40.29 
 
 		 315 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.042632  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3097  transcriptional regulator, LysR family  38.2 
 
 		 319 aa  187  3e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2993  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 319 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.462363 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0606  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 305 aa  175  9e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.348425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0687  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 328 aa  173  2.9999999999999996e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.730291 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3989  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 336 aa  166  5e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0119211  normal  0.0654574 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3862  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 341 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.910956  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0498  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 332 aa  150  3e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.282116  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3838  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 327 aa  149  6e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.204635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3527  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 324 aa  146  6e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0977004 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1471  LysR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 332 aa  123  5e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0738  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 314 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2313  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 327 aa  112  9e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.344655  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1510  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 276 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0433683  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3703  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 315 aa  109  6e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0307  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4923  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 299 aa  100  5e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7451  putative transcriptional regulator  29.67 
 
 		 295 aa  99  9e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193814  normal  0.890359 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1002  transcriptional regulator, LysR family  27.57 
 
 		 292 aa  97.4  3e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0157  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 295 aa  97.1  4e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0946  transcriptional regulator, LysR family  25.94 
 
 		 304 aa  94.7  2e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0379301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 297 aa  86.7  5e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 305 aa  85.9  9e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0252  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 216 aa  85.9  9e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.682198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0956  transcriptional regulator, LysR family  24.44 
 
 		 306 aa  85.1  0.000000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4305  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 294 aa  85.5  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.201551 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  25.58 
 
 		 301 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  26.92 
 
 		 301 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 301 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 301 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1296  transcriptional regulator, LysR family  28.4 
 
 		 312 aa  84.7  0.000000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  26.92 
 
 		 301 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  25.58 
 
 		 301 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  26.92 
 
 		 301 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  26.92 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  26.92 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1712  transcriptional regulator, LysR family  27.57 
 
 		 308 aa  84.3  0.000000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1156  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 306 aa  82.8  0.000000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0173  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 318 aa  81.6  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.569723  normal  0.401797 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5843  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 304 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000271378 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0553  transcriptional regulator, LysR family  28.73 
 
 		 293 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 302 aa  80.5  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3534  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 302 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3404  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 293 aa  77.8  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.729223  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49340  LysR family transcriptional regulator protein  28.06 
 
 		 312 aa  77  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2058  transcriptional regulator, LysR family  28.86 
 
 		 299 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90545  hitchhiker  0.00248149 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 298 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 302 aa  77  0.0000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  27.67 
 
 		 301 aa  76.6  0.0000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1342  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.318091  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2161  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 299 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0803244  normal  0.636405 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2421  LysR substrate-binding  22.93 
 
 		 300 aa  76.3  0.0000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 296 aa  76.3  0.0000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3249  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 297 aa  75.9  0.0000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.332208  normal  0.244414 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3366  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 293 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.326699 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.27 
 
 		 306 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 297 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2919  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 290 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.226862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 290 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2392  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 293 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.888596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3013  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 293 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7124  transcriptional regulator, LysR family  26.95 
 
 		 288 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.281926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 309 aa  75.1  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  25.95 
 
 		 302 aa  74.3  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  24.91 
 
 		 298 aa  73.6  0.000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 290 aa  73.6  0.000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4591  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 295 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2584  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 293 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.156706  normal  0.234942 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 306 aa  73.2  0.000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  22.87 
 
 		 298 aa  72.8  0.000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 290 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 290 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 299 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  28.38 
 
 		 302 aa  72.4  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 291 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 291 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68920  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 304 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0038  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 294 aa  72  0.00000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 306 aa  72  0.00000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 312 aa  70.9  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  23.64 
 
 		 292 aa  71.2  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  23.13 
 
 		 298 aa  71.6  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 289 aa  71.6  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0242  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 312 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 293 aa  71.2  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4555  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.37 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.633228  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 297 aa  70.9  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1765  transcriptional regulator, LysR family  30.46 
 
 		 320 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  29.27 
 
 		 300 aa  70.5  0.00000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3423  transcriptional regulator, LysR family  22.91 
 
 		 289 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000235779 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  23.4 
 
 		 299 aa  70.1  0.00000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4974  transcriptional regulator, LysR family  26.01 
 
 		 301 aa  70.1  0.00000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19467  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 323 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>