More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_1002 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_1002  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 292 aa  590  1e-167  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7451  putative transcriptional regulator  41.81 
 
 		 295 aa  226  3e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193814  normal  0.890359 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1712  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 308 aa  154  1e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3862  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 341 aa  121  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.910956  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0606  LysR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 305 aa  115  7.999999999999999e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.348425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3205  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 314 aa  112  6e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 302 aa  110  3e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3552  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.964874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1183  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3527  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 324 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0977004 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2993  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 319 aa  102  6e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.462363 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1340  putative transcriptional regulator  31.63 
 
 		 302 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3989  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 336 aa  99  9e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0119211  normal  0.0654574 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.34 
 
 		 300 aa  98.2  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3097  transcriptional regulator, LysR family  26.21 
 
 		 319 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2932  DNA-binding transcriptional activator XapR  29.62 
 
 		 294 aa  97.8  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000456471  normal  0.0988351 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  29.49 
 
 		 302 aa  97.8  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0804  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 321 aa  97.4  3e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0307  LysR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 298 aa  97.1  3e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0687  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 328 aa  96.7  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.730291 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3612  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 296 aa  95.9  6e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.395284  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3838  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 327 aa  94.4  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.204635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2654  DNA-binding transcriptional activator XapR  28.46 
 
 		 294 aa  93.6  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00016667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2784  DNA-binding transcriptional activator XapR  28.46 
 
 		 294 aa  93.6  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00240936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2612  DNA-binding transcriptional activator XapR  28.46 
 
 		 294 aa  93.2  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0177144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2563  DNA-binding transcriptional activator XapR  28.46 
 
 		 294 aa  92.8  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000012261  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0639  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 296 aa  92.4  8e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2678  DNA-binding transcriptional activator XapR  28.46 
 
 		 294 aa  92.4  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0441451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19670  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 297 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.663565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2558  DNA-binding transcriptional activator XapR  28.09 
 
 		 294 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000632847  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1693  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 300 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  27.12 
 
 		 295 aa  90.9  2e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15240  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 302 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.182119  hitchhiker  0.000000000510266 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0216  LysR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 301 aa  90.1  4e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.51 
 
 		 304 aa  89.4  6e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5622  transcriptional regulator, LysR family  27.89 
 
 		 299 aa  89.4  7e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.812552  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 293 aa  89.4  7e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3084  transcriptional regulator, LysR family  28.38 
 
 		 296 aa  89  8e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0212  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 306 aa  89  9e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1258  transcriptional regulator, LysR family  27.72 
 
 		 294 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000639687  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 298 aa  88.2  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.65 
 
 		 305 aa  88.6  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.12 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.12 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  29.12 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.12 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  29.12 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3223  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 315 aa  87.4  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.042632  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.12 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.12 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.12 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0157  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 295 aa  87.4  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.12 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1120  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 298 aa  87.8  2e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.359729  normal  0.248441 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.12 
 
 		 305 aa  87.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.12 
 
 		 305 aa  87.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  27.05 
 
 		 306 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.12 
 
 		 305 aa  87.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.12 
 
 		 305 aa  87.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.12 
 
 		 305 aa  87.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 296 aa  87  3e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2220  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 317 aa  86.3  5e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 299 aa  86.3  5e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7208  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 293 aa  86.3  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319627  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0827  transcriptional regulator  26.49 
 
 		 296 aa  85.9  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.237922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0799  transcriptional regulator  24.92 
 
 		 296 aa  85.9  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.603179  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0858  transcriptional regulator  24.92 
 
 		 296 aa  85.9  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.311751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3404  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 293 aa  85.9  7e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.729223  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3703  LysR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 315 aa  85.1  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0738  LysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 314 aa  85.5  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  25.25 
 
 		 292 aa  85.1  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0890  transcriptional regulator  26.16 
 
 		 296 aa  84.3  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.12488  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.97 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2928  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 290 aa  84  0.000000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2326  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 306 aa  83.6  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4202  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 295 aa  83.6  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.932359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1790  LysR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 289 aa  84  0.000000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000399419  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 306 aa  83.6  0.000000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.97 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.97 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3228  LysR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 308 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.155209 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1366  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 303 aa  83.6  0.000000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.18 
 
 		 302 aa  83.2  0.000000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 303 aa  83.6  0.000000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  23.79 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0038  transcriptional regulator, LysR family  27.54 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.744574 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0037  transcriptional regulator, LysR family  27.54 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.279269  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  27.7 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  23.79 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  27.1 
 
 		 295 aa  83.2  0.000000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  28.24 
 
 		 311 aa  82.8  0.000000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.52 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.18 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1400  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 303 aa  82.4  0.000000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.76 
 
 		 305 aa  82.4  0.000000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 297 aa  82.4  0.000000000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3676  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 317 aa  81.6  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0866147  normal  0.208358 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  27.84 
 
 		 311 aa  81.6  0.00000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0026  LysR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 308 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>