More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5622 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5622  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 299 aa  594  1e-169  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.812552  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0216  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 302 aa  158  9e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.79 
 
 		 300 aa  157  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 306 aa  155  8e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 292 aa  155  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3126  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.211157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1775  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 296 aa  152  7e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310759  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0212  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 306 aa  149  4e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7097  transcriptional regulator, LysR family  33.69 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.785925  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  28.08 
 
 		 298 aa  145  9e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4639  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 309 aa  144  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.356154  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0184  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 323 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 296 aa  140  3e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 306 aa  140  3e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3345  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 286 aa  139  3.9999999999999997e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 297 aa  139  4.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 293 aa  139  7.999999999999999e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 299 aa  138  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 299 aa  138  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0544  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4587  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.781824  normal  0.831534 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4453  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.47384 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  30.14 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  30.14 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  30.14 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4123  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454072 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  30.14 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2312  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.015479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  32.48 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2279  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.77751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2025  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.639957  normal  0.141261 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  30.14 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 296 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4630  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.133598  hitchhiker  0.000277503 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 296 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3831  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 302 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4537  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 302 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.309073  normal  0.1504 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1308  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 302 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.565063 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2114  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 313 aa  135  9e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.28902  normal  0.253639 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4425  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 302 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.488055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6115  transcriptional regulator, LysR family  32.21 
 
 		 299 aa  133  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3962  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 302 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0195836  normal  0.175267 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 299 aa  132  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 307 aa  132  6e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.17 
 
 		 296 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2909  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 299 aa  132  9e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0304015  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4876  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 335 aa  132  9e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0982311 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68920  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 304 aa  132  9e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2713  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.54 
 
 		 299 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.565858  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0664  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0825274 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6203  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 298 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.242045 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  33.21 
 
 		 297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49340  LysR family transcriptional regulator protein  32.43 
 
 		 312 aa  130  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1346  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 294 aa  129  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.638115  normal  0.881858 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  35.02 
 
 		 295 aa  130  4.0000000000000003e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5056  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 375 aa  129  5.0000000000000004e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0334022  normal  0.243634 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 299 aa  129  8.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05372  transcription regulator protein  33.11 
 
 		 335 aa  129  9.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  31.36 
 
 		 301 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3676  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0866147  normal  0.208358 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1366  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3724  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.282606 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2053  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.79519  normal  0.0937075 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  31.47 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 298 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  30.07 
 
 		 301 aa  126  4.0000000000000003e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0242  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 312 aa  126  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5674  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 294 aa  125  6e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 328 aa  126  6e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 328 aa  126  6e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 299 aa  125  6e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 296 aa  125  7e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1296  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 312 aa  125  8.000000000000001e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0535  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 296 aa  125  8.000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7124  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 288 aa  124  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.281926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 299 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  31.86 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  31.72 
 
 		 295 aa  124  2e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1388  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.813724 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46680  Transcriptional regulator, LysR-family  32.14 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>