More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0157 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0157  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  597  1e-170  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0252  LysR family transcriptional regulator  55.61 
 
 		 216 aa  244  9.999999999999999e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.682198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3703  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 315 aa  239  4e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0738  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 314 aa  233  2.0000000000000002e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0307  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3205  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 314 aa  172  6.999999999999999e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3097  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 319 aa  171  1e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1510  LysR family transcriptional regulator  34.7 
 
 		 276 aa  169  4e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0433683  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2993  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 319 aa  168  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.462363 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0687  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 328 aa  166  2.9999999999999998e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.730291 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3552  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 297 aa  166  4e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.964874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1183  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 297 aa  166  4e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3838  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 327 aa  157  3e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.204635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3862  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 341 aa  152  7e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.910956  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 292 aa  149  6e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3223  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 315 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.042632  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0956  transcriptional regulator, LysR family  31.99 
 
 		 306 aa  145  9e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3527  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 324 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0977004 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0946  transcriptional regulator, LysR family  30.64 
 
 		 304 aa  142  8e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0379301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3989  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 336 aa  135  6.0000000000000005e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0119211  normal  0.0654574 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1681  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 311 aa  133  3e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.439861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0606  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 305 aa  132  5e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.348425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 297 aa  132  6e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1471  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 332 aa  132  6.999999999999999e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  30.9 
 
 		 292 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 291 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4923  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 299 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 291 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 290 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 290 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68920  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 301 aa  127  3e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1900  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 300 aa  126  5e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 295 aa  125  9e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0380  transcriptional regulator LysR family  32.03 
 
 		 309 aa  125  9e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 296 aa  124  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0498  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 332 aa  124  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.282116  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0173  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 318 aa  125  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.569723  normal  0.401797 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1102  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 323 aa  124  2e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  26.99 
 
 		 301 aa  123  4e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5674  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 		 294 aa  123  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  26.99 
 
 		 301 aa  123  4e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 301 aa  123  4e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 301 aa  123  4e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  26.99 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  26.99 
 
 		 301 aa  123  4e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2265  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 292 aa  123  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2155  LysR family substrate binding transcriptional regulator  30.1 
 
 		 292 aa  123  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.971753  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  26.99 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  26.99 
 
 		 301 aa  122  5e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0535  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 296 aa  123  5e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  26.99 
 
 		 301 aa  122  6e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4359  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 303 aa  122  7e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 298 aa  122  7e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 296 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0537  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.747405  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  33.74 
 
 		 302 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2313  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 327 aa  120  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.344655  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  29.41 
 
 		 292 aa  119  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3363  hypothetical protein  29.41 
 
 		 292 aa  119  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.354704  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  29.41 
 
 		 292 aa  119  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 323 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 306 aa  119  7e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0834  LysR, substrate-binding  31.88 
 
 		 330 aa  119  7e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1053  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 310 aa  119  7e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262564  normal  0.905939 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1893  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 309 aa  119  7.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.917792 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.29 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3676  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 317 aa  118  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0866147  normal  0.208358 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2608  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7124  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 288 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.281926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1491  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00327558 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5022  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.851594  normal  0.174295 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 293 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2994  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0317639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0553  transcriptional regulator, LysR family  31.92 
 
 		 293 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1366  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2154  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 295 aa  117  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3296  StmR  29.07 
 
 		 292 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.618402 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4305  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 294 aa  116  3.9999999999999997e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.201551 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 298 aa  116  3.9999999999999997e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3249  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 297 aa  116  3.9999999999999997e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.332208  normal  0.244414 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2107  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 295 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.329852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1271  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 305 aa  116  3.9999999999999997e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0459918  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0175  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 302 aa  116  3.9999999999999997e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.602241  normal  0.0372511 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6619  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 300 aa  116  5e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 		 302 aa  115  6e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0578  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 298 aa  115  6e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2909  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 299 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0304015  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3013  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 293 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2119  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  29.76 
 
 		 292 aa  115  7.999999999999999e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0904041 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  27.4 
 
 		 298 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3128  transcriptional regulator, LysR family  29.43 
 
 		 309 aa  115  8.999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1400  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>