More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1900 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1900  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  612  9.999999999999999e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5426  transcriptional regulator, LysR family  42.36 
 
 		 294 aa  228  7e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.954201 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4431  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 291 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6126  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 302 aa  209  4e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 296 aa  202  8e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 297 aa  195  7e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  35.05 
 
 		 292 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3363  hypothetical protein  35.05 
 
 		 292 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.354704  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  35.05 
 
 		 292 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 308 aa  182  4.0000000000000006e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  33.9 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 299 aa  182  6e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 299 aa  182  6e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  33.9 
 
 		 301 aa  182  7e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 299 aa  182  7e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  36.4 
 
 		 292 aa  181  1e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  33.56 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  33.56 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  33.56 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 323 aa  181  2e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 302 aa  179  4e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6844  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 309 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3296  StmR  34.71 
 
 		 292 aa  178  8e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.618402 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  36.52 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 301 aa  177  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 306 aa  176  4e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 301 aa  176  4e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2265  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 292 aa  175  7e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2155  LysR family substrate binding transcriptional regulator  33.9 
 
 		 292 aa  175  7e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.971753  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 298 aa  175  8e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 293 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 298 aa  173  3.9999999999999995e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.82 
 
 		 297 aa  172  5e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  35.82 
 
 		 297 aa  172  5e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  35.82 
 
 		 297 aa  172  5e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 297 aa  172  5e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 297 aa  172  5e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  35.82 
 
 		 297 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  35.82 
 
 		 297 aa  172  5.999999999999999e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 297 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 294 aa  172  6.999999999999999e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 295 aa  171  2e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 300 aa  169  5e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  37.28 
 
 		 298 aa  169  8e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3404  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 293 aa  168  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.729223  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 294 aa  168  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2119  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  33.56 
 
 		 292 aa  168  1e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0904041 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 316 aa  168  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  35 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 304 aa  167  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 304 aa  166  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3676  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 317 aa  166  5.9999999999999996e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0866147  normal  0.208358 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 318 aa  165  8e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 307 aa  165  9e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2138  transcriptional regulator, LysR family  38 
 
 		 337 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1672  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 295 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 328 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 328 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3441  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0833  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 304 aa  163  3e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0535  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 296 aa  162  5.0000000000000005e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 299 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  34.28 
 
 		 299 aa  162  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  34.28 
 
 		 299 aa  162  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  34.28 
 
 		 299 aa  162  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  34.28 
 
 		 299 aa  162  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  34.28 
 
 		 299 aa  162  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 299 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  34.32 
 
 		 306 aa  161  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  34.32 
 
 		 306 aa  161  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3249  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.332208  normal  0.244414 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4923  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 299 aa  161  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 299 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3091  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 304 aa  160  3e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.339744  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 302 aa  160  3e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 295 aa  159  4e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3534  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  36.95 
 
 		 295 aa  159  7e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  36.52 
 
 		 297 aa  158  9e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3633  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 328 aa  158  9e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 297 aa  157  1e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0578  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3722  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 307 aa  158  1e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.79 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2510  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>