More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1102 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1102  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  610  9.999999999999999e-175  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0855  LysR family transcriptional regulator  47.95 
 
 		 308 aa  280  1e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.931414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  35.29 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  35.29 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  35.29 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  35.29 
 
 		 301 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  35.29 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 305 aa  182  7e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3249  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 297 aa  182  9.000000000000001e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.332208  normal  0.244414 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 298 aa  178  9e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 297 aa  176  6e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 301 aa  170  3e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  38.55 
 
 		 301 aa  169  7e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 296 aa  167  1e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  34.67 
 
 		 292 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  37.28 
 
 		 308 aa  162  5.0000000000000005e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1053  transcriptional regulator, LysR family  37.05 
 
 		 310 aa  156  5.0000000000000005e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262564  normal  0.905939 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4355  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 301 aa  155  1e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 302 aa  154  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 295 aa  153  2.9999999999999998e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3612  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 296 aa  152  5e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.395284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0639  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 296 aa  152  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.72 
 
 		 300 aa  149  4e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 299 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 299 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.91 
 
 		 296 aa  149  7e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 297 aa  149  8e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  34.89 
 
 		 296 aa  148  9e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  31.94 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  33.09 
 
 		 302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  32.42 
 
 		 302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7143  transcriptional regulator, LysR family  35.33 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297032  normal  0.653171 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  34.89 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  34.91 
 
 		 297 aa  147  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4431  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 291 aa  147  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3091  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 304 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.339744  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 296 aa  146  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 296 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 293 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 299 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  35.02 
 
 		 306 aa  144  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  35.02 
 
 		 306 aa  144  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 296 aa  143  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 289 aa  144  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0038  transcriptional regulator, LysR family  31.79 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.744574 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0037  transcriptional regulator, LysR family  31.79 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.279269  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 323 aa  142  5e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1672  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 295 aa  142  6e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  34.39 
 
 		 306 aa  142  7e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 		 308 aa  142  8e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 		 308 aa  142  8e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.03 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  32.97 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  32.62 
 
 		 298 aa  139  4.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 297 aa  139  4.999999999999999e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 294 aa  139  6e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 		 302 aa  139  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2421  LysR substrate-binding  26.46 
 
 		 300 aa  138  8.999999999999999e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1408  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 323 aa  138  1e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.185298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1374  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 314 aa  138  1e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3084  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0152  transcriptional regulator, LysR family  31.44 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.393989  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1392  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0389535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1900  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  31.77 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4923  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4202  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.932359  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  34.3 
 
 		 295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0657  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0553  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 293 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  29.76 
 
 		 295 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 302 aa  135  7.000000000000001e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6552  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 303 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.392727 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6068  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 303 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5704  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 303 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 300 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2740  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.379655 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4305  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 294 aa  135  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.201551 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1346  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 294 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.638115  normal  0.881858 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 295 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>