More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4974 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4974  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 301 aa  587  1e-166  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19467  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0578  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  32.96 
 
 		 292 aa  145  7.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 297 aa  143  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0175  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 302 aa  142  6e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.602241  normal  0.0372511 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2994  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 295 aa  142  7e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0317639  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 302 aa  142  9e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  36.03 
 
 		 296 aa  140  3e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  35.09 
 
 		 298 aa  139  4.999999999999999e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 299 aa  138  8.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 323 aa  138  1e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3722  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  38.21 
 
 		 298 aa  136  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0607  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 296 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.693427  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2554  transcriptional regulator, LysR family  34.44 
 
 		 309 aa  136  4e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0664958  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0157  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 296 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0640  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 296 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2326  LysR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 306 aa  135  6.0000000000000005e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4305  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 294 aa  135  9e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.201551 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  32.85 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2876  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.692087 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3724  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.282606 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3676  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 317 aa  133  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0866147  normal  0.208358 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0350  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 295 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.334528  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1053  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 		 310 aa  133  3.9999999999999996e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262564  normal  0.905939 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5074  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 307 aa  132  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.507053 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  30.65 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  30.65 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  35.4 
 
 		 306 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  35.4 
 
 		 306 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6115  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 		 299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2025  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.639957  normal  0.141261 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.77 
 
 		 300 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  30.27 
 
 		 301 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 301 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 301 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  30.27 
 
 		 301 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  30.27 
 
 		 301 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0037  transcriptional regulator, LysR family  33.72 
 
 		 300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.279269  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0038  transcriptional regulator, LysR family  33.72 
 
 		 300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.744574 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2312  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 302 aa  129  6e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.015479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 316 aa  129  6e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  32.05 
 
 		 295 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1672  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 295 aa  129  8.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  30.27 
 
 		 301 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 299 aa  129  8.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  30.27 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2030  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3084  transcriptional regulator, LysR family  33.93 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  35.63 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 295 aa  127  3e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 295 aa  126  3e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  37.01 
 
 		 308 aa  127  3e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  32.44 
 
 		 308 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  35.71 
 
 		 295 aa  126  5e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0678  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  35.11 
 
 		 315 aa  125  6e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1181  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  35.11 
 
 		 331 aa  125  6e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1646  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  35.11 
 
 		 315 aa  125  6e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.636647  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2333  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  35.11 
 
 		 315 aa  125  6e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0128681  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2953  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  35.11 
 
 		 329 aa  125  7e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0041469  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1388  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 310 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.813724 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 298 aa  125  8.000000000000001e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2378  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 305 aa  124  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  32.25 
 
 		 294 aa  125  1e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.96 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 300 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3793  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2510  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 305 aa  124  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3319  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0544  transcriptional regulator, LysR family  37.64 
 
 		 295 aa  124  2e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4630  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 295 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.133598  hitchhiker  0.000277503 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68920  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 304 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196948  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 302 aa  123  3e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 302 aa  123  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0535  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 296 aa  124  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4923  LysR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 299 aa  124  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3205  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 314 aa  124  3e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2411  transcription regulator protein  34.62 
 
 		 311 aa  123  4e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  123  4e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2053  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 323 aa  123  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.79519  normal  0.0937075 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 301 aa  122  5e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1021  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  35.07 
 
 		 337 aa  123  5e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.127351  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0617  transcriptional regulator, LysR family  31.92 
 
 		 300 aa  123  5e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 328 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0828  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  34.62 
 
 		 320 aa  122  6e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.767447  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 328 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>