More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2030 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2030  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  613  1e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3524  LysR family transcriptional regulator  64 
 
 		 298 aa  375  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.76062  normal  0.441756 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6552  LysR family transcriptional regulator  60.2 
 
 		 303 aa  360  1e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.392727 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6068  LysR family transcriptional regulator  60.2 
 
 		 303 aa  360  1e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5704  LysR family transcriptional regulator  60.2 
 
 		 303 aa  360  1e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3766  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 292 aa  192  7e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  36.69 
 
 		 292 aa  169  4e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  33.22 
 
 		 301 aa  164  3e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  33.22 
 
 		 301 aa  163  3e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  32.89 
 
 		 301 aa  162  8.000000000000001e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 301 aa  162  8.000000000000001e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 301 aa  162  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  32.89 
 
 		 301 aa  162  8.000000000000001e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  32.89 
 
 		 301 aa  162  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 300 aa  162  9e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 296 aa  162  9e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 299 aa  161  1e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 299 aa  161  1e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 302 aa  160  3e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  35.31 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 297 aa  159  5e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 302 aa  159  5e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 293 aa  158  9e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2326  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 306 aa  155  5.0000000000000005e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4923  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 299 aa  155  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 304 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 304 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  38.63 
 
 		 306 aa  154  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 295 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  38.49 
 
 		 295 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 328 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 328 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.98 
 
 		 300 aa  153  4e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2953  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 294 aa  153  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  36.23 
 
 		 295 aa  152  8.999999999999999e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  34.53 
 
 		 306 aa  151  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  34.53 
 
 		 306 aa  151  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0474  transcriptional regulator CatR  38.11 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7143  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 295 aa  148  9e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297032  normal  0.653171 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0833  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 304 aa  148  9e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  34 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0916  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.611527 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  38.4 
 
 		 296 aa  147  3e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  38.4 
 
 		 296 aa  146  3e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 299 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.14 
 
 		 293 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0639  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 296 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4649  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 315 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 299 aa  146  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  37.3 
 
 		 296 aa  146  4.0000000000000006e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 299 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 300 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5353  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 307 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.532482 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 296 aa  145  8.000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2580  ben operon transcriptional regulator BenM  37.22 
 
 		 306 aa  145  9e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0188  transcriptional regulator CatR  37.22 
 
 		 304 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0666967  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 299 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4401  LysR family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4639  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 309 aa  145  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.356154  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 295 aa  144  1e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0999  transcriptional regulator CatR  37.22 
 
 		 304 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2724  ben operon transcriptional regulator BenM  37.22 
 
 		 306 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1361  ben operon transcriptional regulator BenM  37.22 
 
 		 306 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232512  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1557  ben operon transcriptional regulator BenM  37.22 
 
 		 306 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0216  ben operon transcriptional regulator BenM  37.22 
 
 		 306 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4518  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 326 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 326 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 326 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3601  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 305 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.773221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3724  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 300 aa  144  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.282606 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0855  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 308 aa  143  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.931414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5457  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 305 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.08 
 
 		 306 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2154  transcriptional regulator, LysR family  37.12 
 
 		 295 aa  143  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3249  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 297 aa  143  4e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.332208  normal  0.244414 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 289 aa  143  4e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3663  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 296 aa  142  5e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.148857  normal  0.207098 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1775  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 296 aa  142  6e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310759  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 300 aa  142  7e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 299 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3612  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 296 aa  142  7e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.395284  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  36.23 
 
 		 298 aa  142  7e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4876  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 335 aa  142  8e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0982311 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2690  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  31.89 
 
 		 297 aa  142  9e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>