More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2173 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2173  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 308 aa  636    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03179  transcription regulator protein  50.68 
 
 		 310 aa  319  3.9999999999999996e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.379949  normal  0.13271 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  32.51 
 
 		 299 aa  176  3e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  32.51 
 
 		 299 aa  176  3e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  32.16 
 
 		 301 aa  175  9e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 301 aa  175  9e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 301 aa  175  9e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  32.16 
 
 		 301 aa  175  9e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  32.16 
 
 		 301 aa  175  9e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 297 aa  174  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  31.8 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  31.8 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  33.09 
 
 		 292 aa  172  5e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 294 aa  169  4e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0657  transcriptional regulator, LysR family  36.56 
 
 		 305 aa  169  6e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  34.29 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  31.79 
 
 		 298 aa  167  2.9999999999999998e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 296 aa  166  4e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3509  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 319 aa  166  4e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.633276 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_013596  Sros_9412  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  33.2 
 
 		 295 aa  163  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 296 aa  163  3e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 296 aa  163  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 318 aa  161  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 306 aa  162  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 307 aa  162  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 295 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  32.25 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 316 aa  159  8e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  33.46 
 
 		 295 aa  158  1e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 291 aa  156  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  34.19 
 
 		 302 aa  157  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  34.41 
 
 		 292 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3363  hypothetical protein  34.41 
 
 		 292 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.354704  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  34.41 
 
 		 292 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 291 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3296  StmR  34.05 
 
 		 292 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.618402 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 299 aa  156  5.0000000000000005e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3633  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 328 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3623  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 299 aa  155  6e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 297 aa  154  1e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 304 aa  155  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 297 aa  155  1e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4923  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  33.94 
 
 		 302 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 297 aa  155  1e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 		 308 aa  154  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3676  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 317 aa  154  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0866147  normal  0.208358 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.09 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  33.09 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  33.09 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6619  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7097  transcriptional regulator, LysR family  31.79 
 
 		 296 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.785925  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1672  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 295 aa  153  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57433  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3441  transcriptional regulator, LysR family  32.72 
 
 		 297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  32.45 
 
 		 306 aa  153  4e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  32.45 
 
 		 306 aa  153  4e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2220  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 317 aa  152  5e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2608  LysR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 300 aa  152  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3534  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 302 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 299 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2411  transcription regulator protein  31.27 
 
 		 311 aa  152  8e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 299 aa  152  8e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 299 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  33.09 
 
 		 297 aa  152  8.999999999999999e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1181  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  31.47 
 
 		 331 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 328 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 328 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 304 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 289 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0989  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 		 321 aa  150  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 290 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 290 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 290 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 297 aa  149  6e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 306 aa  149  7e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2265  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 292 aa  148  9e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2155  LysR family substrate binding transcriptional regulator  32.38 
 
 		 292 aa  148  9e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.971753  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7124  transcriptional regulator, LysR family  35.46 
 
 		 288 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.281926  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  32.03 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 323 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2215  transcriptional regulator, LysR family  30.65 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1196  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1021  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  30.48 
 
 		 337 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.127351  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0678  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  30.77 
 
 		 315 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.6 
 
 		 300 aa  147  3e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2378  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2333  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  30.77 
 
 		 315 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0128681  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1646  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  30.77 
 
 		 315 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.636647  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1775  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 296 aa  147  3e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310759  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2510  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>