More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A2330 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A2330  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  599  1e-170  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0633  transcriptional regulator, LysR family  76.74 
 
 		 302 aa  456  1e-127  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.127453 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2807  transcriptional regulator, LysR family  66.21 
 
 		 294 aa  376  1e-103  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0331  transcriptional regulator, LysR family  58.56 
 
 		 306 aa  340  1e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.172645  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2064  transcriptional regulator, LysR family  58.56 
 
 		 306 aa  340  1e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.053811  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4191  LysR family transcriptional regulator  57.67 
 
 		 303 aa  329  4e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.530401  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0722  LysR family transcriptional regulator  55.82 
 
 		 314 aa  325  4.0000000000000003e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.857733  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2588  transcription regulator protein  55.48 
 
 		 314 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1278  LysR family transcriptional regulator  54.79 
 
 		 313 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1002  transcriptional regulator, LysR family  60.82 
 
 		 277 aa  318  6e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35760  LysR family regulatory protein  56.85 
 
 		 314 aa  316  3e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.168852  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2919  LysR family transcriptional regulator  53.87 
 
 		 301 aa  315  7e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.495437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1336  LysR family transcriptional regulator  56.16 
 
 		 320 aa  314  9e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00681412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2000  LysR family transcriptional regulator  57.19 
 
 		 313 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1546  LysR family transcriptional regulator  55.14 
 
 		 326 aa  311  5.999999999999999e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00132043  normal  0.724965 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35850  Regulatory protein, LysR-family  56.85 
 
 		 314 aa  311  6.999999999999999e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0402658  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2346  LysR family transcriptional regulator  56.85 
 
 		 313 aa  308  8e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.530384 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30970  putative transcriptional regulator  54.45 
 
 		 331 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000030684  unclonable  5.74685e-22 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1891  transcriptional regulator, LysR family  54.45 
 
 		 314 aa  304  1.0000000000000001e-81  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3723  LysR family transcriptional regulator  54.45 
 
 		 310 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3710  LysR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 312 aa  301  7.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0404575  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3462  LysR family transcriptional regulator  52.6 
 
 		 296 aa  291  8e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4209  LysR family transcriptional regulator  56.99 
 
 		 296 aa  287  1e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0298089 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3510  transcriptional regulator, LysR family  51.04 
 
 		 304 aa  287  2e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1350  LysR family transcriptional regulator  51.9 
 
 		 296 aa  285  8e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2328  LysR family transcriptional regulator  49.67 
 
 		 302 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.418813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1027  transcriptional regulator, LysR family  50.69 
 
 		 317 aa  282  6.000000000000001e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.922112  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0442  LysR family transcriptional regulator  51.04 
 
 		 308 aa  281  8.000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2400  LysR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 296 aa  280  2e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000468465  hitchhiker  0.00000339516 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1136  LysR family transcriptional regulator  53.61 
 
 		 303 aa  278  7e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1314  transcriptional regulator, LysR family  51.39 
 
 		 308 aa  278  1e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.515752  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2703  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 304 aa  275  6e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.907055  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0613  transcriptional regulator, LysR family  50.69 
 
 		 302 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.311225 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2641  transcriptional regulator, LysR family  51.37 
 
 		 304 aa  269  5e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.416798  normal  0.999416 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1668  transcriptional regulator, LysR family  41.08 
 
 		 308 aa  227  2e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.239871  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1229  LysR family transcriptional regulator  52.23 
 
 		 300 aa  224  2e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4374  LysR family transcriptional regulator  42.97 
 
 		 287 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 296 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1900  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 300 aa  145  7.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 301 aa  145  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 306 aa  139  6e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  36.93 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2333  LysR family transcriptional regulator  87.01 
 
 		 98 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 299 aa  135  7.000000000000001e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4587  transcriptional regulator, LysR family  38.52 
 
 		 298 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.781824  normal  0.831534 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4453  transcriptional regulator, LysR family  38.52 
 
 		 298 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.47384 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  38.34 
 
 		 323 aa  133  3e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5149  LysR family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 300 aa  132  5e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7097  transcriptional regulator, LysR family  37.87 
 
 		 296 aa  132  6e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.785925  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4630  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 295 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.133598  hitchhiker  0.000277503 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1156  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 306 aa  132  6.999999999999999e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0184  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 323 aa  132  9e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4639  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.356154  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 298 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2312  LysR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 302 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.015479  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.51 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  32.51 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  32.51 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0352  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 294 aa  129  7.000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 297 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 297 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 297 aa  128  9.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0664  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 295 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0825274 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2138  transcriptional regulator, LysR family  41.18 
 
 		 337 aa  127  3e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2500  transcriptional regulator, LysR family  38.13 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 		 292 aa  126  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68920  LysR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 304 aa  126  5e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 299 aa  125  6e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 301 aa  126  6e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2531  transcriptional regulator, LysR family  35.6 
 
 		 312 aa  125  7e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 302 aa  125  7e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3724  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 300 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.282606 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 297 aa  125  8.000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  39.18 
 
 		 296 aa  125  8.000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 305 aa  125  9e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6619  transcriptional regulator, LysR family  42.33 
 
 		 300 aa  125  9e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 309 aa  125  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5843  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 304 aa  124  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000271378 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 299 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3128  transcriptional regulator, LysR family  36.96 
 
 		 309 aa  125  1e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0834  LysR, substrate-binding  35.66 
 
 		 330 aa  125  1e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1296  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 		 312 aa  124  2e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  33.23 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  34.44 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  34.44 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0607  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 296 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.693427  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0657  transcriptional regulator, LysR family  42.37 
 
 		 305 aa  123  3e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 308 aa  124  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 306 aa  124  3e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 297 aa  123  3e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4923  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  37.14 
 
 		 308 aa  123  4e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>