More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2641 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2641  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 304 aa  612  9.999999999999999e-175  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.416798  normal  0.999416 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0442  LysR family transcriptional regulator  78.88 
 
 		 308 aa  478  1e-134  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2703  LysR family transcriptional regulator  79.45 
 
 		 304 aa  468  1.0000000000000001e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.907055  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3510  transcriptional regulator, LysR family  79.11 
 
 		 304 aa  466  9.999999999999999e-131  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1278  LysR family transcriptional regulator  72.39 
 
 		 313 aa  443  1e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2064  transcriptional regulator, LysR family  71.48 
 
 		 306 aa  439  9.999999999999999e-123  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.053811  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0331  transcriptional regulator, LysR family  71.48 
 
 		 306 aa  439  9.999999999999999e-123  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.172645  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2588  transcription regulator protein  70.1 
 
 		 314 aa  435  1e-121  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1314  transcriptional regulator, LysR family  75.33 
 
 		 308 aa  434  1e-121  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.515752  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0722  LysR family transcriptional regulator  69.21 
 
 		 314 aa  430  1e-119  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.857733  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35760  LysR family regulatory protein  72.76 
 
 		 314 aa  428  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.168852  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2919  LysR family transcriptional regulator  70.59 
 
 		 301 aa  414  9.999999999999999e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.495437  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35850  Regulatory protein, LysR-family  71.38 
 
 		 314 aa  415  9.999999999999999e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0402658  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2000  LysR family transcriptional regulator  70.47 
 
 		 313 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2346  LysR family transcriptional regulator  69.8 
 
 		 313 aa  411  1e-114  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.530384 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3710  LysR family transcriptional regulator  69.46 
 
 		 312 aa  404  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0404575  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3723  LysR family transcriptional regulator  68.75 
 
 		 310 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1336  LysR family transcriptional regulator  70.65 
 
 		 320 aa  405  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00681412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1891  transcriptional regulator, LysR family  67.22 
 
 		 314 aa  399  9.999999999999999e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1546  LysR family transcriptional regulator  67.44 
 
 		 326 aa  393  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00132043  normal  0.724965 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30970  putative transcriptional regulator  68.71 
 
 		 331 aa  389  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000030684  unclonable  5.74685e-22 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4191  LysR family transcriptional regulator  59.67 
 
 		 303 aa  355  3.9999999999999996e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.530401  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2807  transcriptional regulator, LysR family  56.46 
 
 		 294 aa  340  2e-92  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2330  LysR family transcriptional regulator  51.37 
 
 		 303 aa  298  6e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0633  transcriptional regulator, LysR family  51.68 
 
 		 302 aa  297  1e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.127453 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3462  LysR family transcriptional regulator  51.68 
 
 		 296 aa  291  1e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2328  LysR family transcriptional regulator  49.17 
 
 		 302 aa  288  1e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.418813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2400  LysR family transcriptional regulator  50.67 
 
 		 296 aa  286  4e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000468465  hitchhiker  0.00000339516 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1027  transcriptional regulator, LysR family  50.69 
 
 		 317 aa  285  5e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.922112  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1350  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 296 aa  283  2.0000000000000002e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4209  LysR family transcriptional regulator  53.79 
 
 		 296 aa  282  5.000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0298089 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0613  transcriptional regulator, LysR family  49.65 
 
 		 302 aa  279  5e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.311225 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1136  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 303 aa  271  1e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1002  transcriptional regulator, LysR family  47.19 
 
 		 277 aa  235  6e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1668  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 308 aa  214  9.999999999999999e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.239871  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1229  LysR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 300 aa  212  5.999999999999999e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4374  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 287 aa  179  5.999999999999999e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0808  transcriptional regulator  61.76 
 
 		 151 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 296 aa  143  4e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08550  Transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.763554  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 298 aa  139  7e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46680  Transcriptional regulator, LysR-family  35.63 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.79 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 300 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 306 aa  136  5e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  34 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 297 aa  134  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  34 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  34 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4639  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.356154  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2279  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.77751  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  35.68 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  31.12 
 
 		 301 aa  133  3e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 301 aa  133  3e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 301 aa  133  3e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 297 aa  134  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  31.12 
 
 		 301 aa  133  3e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  31.12 
 
 		 301 aa  133  3e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  34 
 
 		 297 aa  133  3e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0216  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  31.12 
 
 		 301 aa  132  5e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  31.12 
 
 		 301 aa  133  5e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 299 aa  132  6e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 299 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3724  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 300 aa  132  9e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.282606 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 296 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4630  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 295 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.133598  hitchhiker  0.000277503 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  30.15 
 
 		 292 aa  129  8.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 302 aa  129  8.000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  33.47 
 
 		 298 aa  129  9.000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3126  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 296 aa  128  9.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.211157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5149  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  33.91 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  33.47 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0607  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.693427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3676  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 317 aa  127  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0866147  normal  0.208358 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  33.47 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0157  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 296 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0212  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 306 aa  127  3e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0640  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 296 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0184  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 323 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4587  transcriptional regulator, LysR family  33.47 
 
 		 298 aa  125  6e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.781824  normal  0.831534 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4453  transcriptional regulator, LysR family  33.47 
 
 		 298 aa  125  6e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.47384 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1491  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 308 aa  125  6e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00327558 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>