More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3462 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_3462  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  591  1e-168  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2400  LysR family transcriptional regulator  88.18 
 
 		 296 aa  526  1e-148  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000468465  hitchhiker  0.00000339516 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1350  LysR family transcriptional regulator  82.94 
 
 		 296 aa  491  9.999999999999999e-139  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1136  LysR family transcriptional regulator  79.86 
 
 		 303 aa  441  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4209  LysR family transcriptional regulator  78.23 
 
 		 296 aa  438  9.999999999999999e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0298089 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1229  LysR family transcriptional regulator  77.78 
 
 		 300 aa  374  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4191  LysR family transcriptional regulator  57.59 
 
 		 303 aa  326  3e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.530401  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0331  transcriptional regulator, LysR family  56.01 
 
 		 306 aa  318  7.999999999999999e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.172645  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2064  transcriptional regulator, LysR family  56.01 
 
 		 306 aa  318  7.999999999999999e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.053811  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2807  transcriptional regulator, LysR family  58.28 
 
 		 294 aa  317  2e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2000  LysR family transcriptional regulator  54.36 
 
 		 313 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2588  transcription regulator protein  53.95 
 
 		 314 aa  305  7e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35760  LysR family regulatory protein  54.64 
 
 		 314 aa  304  1.0000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.168852  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1278  LysR family transcriptional regulator  52.35 
 
 		 313 aa  302  6.000000000000001e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0722  LysR family transcriptional regulator  53.79 
 
 		 314 aa  300  2e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.857733  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35850  Regulatory protein, LysR-family  53.95 
 
 		 314 aa  297  1e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0402658  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2919  LysR family transcriptional regulator  53.06 
 
 		 301 aa  296  2e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.495437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3710  LysR family transcriptional regulator  53.69 
 
 		 312 aa  296  3e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0404575  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30970  putative transcriptional regulator  54.98 
 
 		 331 aa  296  3e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000030684  unclonable  5.74685e-22 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2346  LysR family transcriptional regulator  53.02 
 
 		 313 aa  295  7e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.530384 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1336  LysR family transcriptional regulator  53.95 
 
 		 320 aa  294  1e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00681412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3723  LysR family transcriptional regulator  54.3 
 
 		 310 aa  292  5e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2330  LysR family transcriptional regulator  52.6 
 
 		 303 aa  291  8e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1891  transcriptional regulator, LysR family  51.89 
 
 		 314 aa  285  9e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0633  transcriptional regulator, LysR family  51.72 
 
 		 302 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.127453 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0442  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 308 aa  281  7.000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1027  transcriptional regulator, LysR family  51.19 
 
 		 317 aa  281  9e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.922112  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1546  LysR family transcriptional regulator  52.23 
 
 		 326 aa  281  9e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00132043  normal  0.724965 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2328  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 302 aa  278  6e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.418813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3510  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 304 aa  278  9e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2703  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 304 aa  276  3e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.907055  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0613  transcriptional regulator, LysR family  49.66 
 
 		 302 aa  265  5e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.311225 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2641  transcriptional regulator, LysR family  51.68 
 
 		 304 aa  263  2e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.416798  normal  0.999416 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1314  transcriptional regulator, LysR family  49.31 
 
 		 308 aa  258  7e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.515752  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1002  transcriptional regulator, LysR family  51.95 
 
 		 277 aa  232  6e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1668  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 		 308 aa  200  3e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.239871  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4374  LysR family transcriptional regulator  39.84 
 
 		 287 aa  185  7e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 297 aa  155  8e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 296 aa  155  1e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 292 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.75 
 
 		 300 aa  148  9e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2279  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 299 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.77751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  34.49 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  34.49 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  34.49 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  34.49 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  34.49 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 303 aa  146  3e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4630  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 295 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.133598  hitchhiker  0.000277503 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  37.04 
 
 		 302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 296 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 299 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 299 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  36.2 
 
 		 306 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.45 
 
 		 297 aa  144  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 297 aa  144  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  33.45 
 
 		 297 aa  144  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 302 aa  144  1e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0212  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 306 aa  144  1e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 299 aa  144  1e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 297 aa  144  1e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 297 aa  144  1e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4639  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.356154  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 297 aa  143  3e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 299 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 319 aa  142  5e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0352  transcriptional regulator, LysR family  35.98 
 
 		 294 aa  142  7e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 297 aa  142  7e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4453  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 		 298 aa  142  8e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.47384 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4587  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 		 298 aa  142  8e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.781824  normal  0.831534 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  33.58 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0664  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0825274 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 302 aa  140  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 323 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0038  LysR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 294 aa  140  3.9999999999999997e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 308 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0216  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 301 aa  138  8.999999999999999e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4132  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.977393  normal  0.0579117 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1001  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.411347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3345  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0184  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 323 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2500  transcriptional regulator, LysR family  39.51 
 
 		 297 aa  136  5e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.51 
 
 		 293 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 295 aa  135  9e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 293 aa  135  9e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3927  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 303 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  34.63 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46680  Transcriptional regulator, LysR-family  34.8 
 
 		 297 aa  134  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  34.63 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3126  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 296 aa  135  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.211157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  34.24 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>