More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0727 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0727  transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  605  9.999999999999999e-173  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.849989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3696  LysR family transcriptional regulator  61.51 
 
 		 312 aa  369  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.51893 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2061  LysR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 306 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4014  LysR family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 314 aa  238  1e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.548061  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02855  transcriptional regulator, LysR family protein  44.09 
 
 		 322 aa  237  2e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1501  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 311 aa  216  2.9999999999999998e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  42.5 
 
 		 301 aa  195  7e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 313 aa  193  3e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 319 aa  189  4e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  38.83 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  38.83 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.83 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.83 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.83 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  39.26 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  38.83 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.83 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.83 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.83 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.58 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.58 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.58 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  34.88 
 
 		 311 aa  184  1.0000000000000001e-45  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  34.88 
 
 		 311 aa  184  2.0000000000000003e-45  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  39.25 
 
 		 300 aa  182  6e-45  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5309  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  35.71 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5357  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.164156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5218  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0164  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474897  normal  0.112541 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.67 
 
 		 302 aa  179  4e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.67 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48440  Transcriptional regulator, LysR family protein  35.59 
 
 		 311 aa  179  5.999999999999999e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0556278  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.33 
 
 		 302 aa  179  5.999999999999999e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3497  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  34.67 
 
 		 301 aa  179  5.999999999999999e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.794623  hitchhiker  0.0000380526 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.14 
 
 		 305 aa  178  8e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.14 
 
 		 305 aa  178  8e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.14 
 
 		 305 aa  178  8e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.14 
 
 		 305 aa  178  8e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.14 
 
 		 305 aa  178  8e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  35.21 
 
 		 318 aa  178  1e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.25 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.97 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 320 aa  177  3e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.99 
 
 		 305 aa  176  6e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0678  transcriptional regulator, LysR family  35.33 
 
 		 309 aa  176  6e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.74 
 
 		 305 aa  175  8e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0066  oxidative stress regulatory protein OxyR, putative  34.97 
 
 		 307 aa  175  9e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  36.57 
 
 		 311 aa  175  9e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000180312  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3718  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 308 aa  175  9e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 311 aa  174  9.999999999999999e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4396  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.20014 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70560  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 310 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6121  putative transcriptional regulator  34.67 
 
 		 310 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  36.86 
 
 		 313 aa  172  5e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5558  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 309 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1241  transcriptional regulator, LysR family  35.93 
 
 		 315 aa  172  7.999999999999999e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  39.27 
 
 		 320 aa  172  9e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0029  regulatory protein, LysR  35.86 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.242113 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4881  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 317 aa  171  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.635282  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 		 312 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.68 
 
 		 302 aa  168  9e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1922  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 308 aa  168  9e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  34.01 
 
 		 296 aa  168  1e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2322  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 298 aa  167  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 319 aa  166  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 303 aa  166  4e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2792  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 307 aa  166  4e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4060  hypothetical protein  39.43 
 
 		 311 aa  166  5e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0282036  normal  0.215669 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1336  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0531475  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 306 aa  166  5e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  33.33 
 
 		 296 aa  166  5.9999999999999996e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 319 aa  165  9e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 319 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 319 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 319 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 319 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4389  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0362  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0036  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 319 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.2 
 
 		 304 aa  163  3e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2576  oxidative stress regulatory protein OxyR  33.89 
 
 		 319 aa  161  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  33.89 
 
 		 319 aa  161  1e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2390  oxidative stress regulatory protein OxyR  33.89 
 
 		 319 aa  161  1e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.27 
 
 		 302 aa  162  1e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3367  oxidative stress regulatory protein  33.89 
 
 		 319 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1168  oxidative stress regulatory protein OxyR  33.89 
 
 		 319 aa  161  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3324  oxidative stress regulatory protein OxyR  33.89 
 
 		 319 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.519513  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2522  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 319 aa  161  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196222  normal  0.718346 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3358  oxidative stress regulatory protein OxyR  33.89 
 
 		 319 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2213  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.99 
 
 		 297 aa  159  4e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4681  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 304 aa  159  7e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.468795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1375  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 311 aa  159  7e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.58375  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 320 aa  159  8e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1281  oxidative stress regulatory protein OxyR  33.22 
 
 		 319 aa  158  9e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>