More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2778 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2778  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 302 aa  598  1e-170  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23055  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 302 aa  230  2e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1001  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 303 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.411347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3618  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 303 aa  208  8e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4749  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 303 aa  208  8e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0228204 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4596  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 303 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00651674 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3927  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 303 aa  207  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4132  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 303 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.977393  normal  0.0579117 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  38.83 
 
 		 292 aa  207  2e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.39 
 
 		 306 aa  204  1e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5534  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 306 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.162022  normal  0.470463 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 296 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 295 aa  199  3e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40910  LysR family transcriptional regulatory protein  44.04 
 
 		 301 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  36.18 
 
 		 301 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  36.18 
 
 		 301 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 301 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 301 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  36.18 
 
 		 301 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  36.18 
 
 		 301 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  36.18 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  42.64 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 289 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 299 aa  196  3e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 299 aa  196  3e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 323 aa  194  1e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3471  LysR family transcriptional regulator  44.2 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5151  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.606064  normal  0.58822 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 299 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 306 aa  189  5e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  38.78 
 
 		 301 aa  187  1e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 297 aa  186  4e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  39.77 
 
 		 308 aa  183  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 299 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  38.28 
 
 		 298 aa  182  4.0000000000000006e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 299 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 301 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4070  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 297 aa  183  4.0000000000000006e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.409277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 297 aa  183  4.0000000000000006e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2740  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.379655 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2326  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 306 aa  181  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 296 aa  180  2e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 323 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 297 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 294 aa  179  4e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 301 aa  179  5.999999999999999e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 300 aa  179  7e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  40.47 
 
 		 306 aa  178  9e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  40.47 
 
 		 306 aa  178  9e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 308 aa  178  9e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 308 aa  178  9e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  41.89 
 
 		 296 aa  178  1e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 309 aa  177  2e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  41.51 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 316 aa  177  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2876  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.692087 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 297 aa  176  6e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3722  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 307 aa  176  6e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  38.52 
 
 		 298 aa  175  7e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4639  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 309 aa  175  7e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.356154  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0535  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 296 aa  175  8e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 297 aa  175  9e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 318 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1672  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 295 aa  174  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2704  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 300 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 296 aa  172  3.9999999999999995e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1756  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 300 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.497412  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 304 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2782  LysR family regulatory protein  38.93 
 
 		 300 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.105762  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2649  transcriptional regulator  38.93 
 
 		 300 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7097  transcriptional regulator, LysR family  38.95 
 
 		 296 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.785925  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1538  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 300 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.337495  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 328 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3053  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 300 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2265  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 300 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503277  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 328 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  39.08 
 
 		 295 aa  172  5e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  38.76 
 
 		 306 aa  172  7.999999999999999e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.95 
 
 		 300 aa  172  9e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_003296  RS05372  transcription regulator protein  39 
 
 		 335 aa  171  1e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 295 aa  171  1e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  38.29 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2053  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 323 aa  171  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.79519  normal  0.0937075 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 293 aa  171  2e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3623  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 299 aa  170  2e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  38.15 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2690  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  35.91 
 
 		 297 aa  170  3e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>