More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3293 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3293  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  642    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3143  LysR family transcriptional regulator  95.83 
 
 		 317 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2574  LysR family transcriptional regulator  97.67 
 
 		 303 aa  608  1e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2962  LysR family transcriptional regulator  93.33 
 
 		 301 aa  580  1e-164  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.478402  normal  0.502508 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0303  putative transcriptional regulator  82.39 
 
 		 306 aa  527  1e-149  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02660  LysR family transcriptional regulator  82.39 
 
 		 306 aa  528  1e-149  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.319663  normal  0.331966 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6995  LysR family transcriptional regulator  81.67 
 
 		 309 aa  517  1e-146  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0324975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7083  LysR family transcriptional regulator  81.67 
 
 		 309 aa  518  1e-146  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.074768 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6420  LysR family transcriptional regulator  81.33 
 
 		 307 aa  513  1e-144  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.83075  normal  0.614202 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5671  LysR family transcriptional regulator  81.33 
 
 		 309 aa  511  1e-144  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.840206  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5408  LysR family transcriptional regulator  82 
 
 		 307 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.133517  normal  0.0100846 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4934  LysR family transcriptional regulator  78.19 
 
 		 304 aa  488  1e-137  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0441  LysR family transcriptional regulator  60.27 
 
 		 307 aa  373  1e-102  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6041  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 308 aa  223  3e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0756462  hitchhiker  0.00133745 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3467  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 308 aa  222  8e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.39067 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2369  transcriptional regulator, LysR family  40.89 
 
 		 308 aa  220  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2573  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 320 aa  220  3e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2055  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 302 aa  218  7e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.505103  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.57 
 
 		 301 aa  211  2e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.419671  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2385  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 313 aa  210  2e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3225  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 315 aa  204  2e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.996696  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1171  LysR family transcriptional regulator  39.54 
 
 		 325 aa  194  2e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0382  transcriptional regulator, LysR family  35.57 
 
 		 302 aa  193  4e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3374  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 308 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0798334 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3454  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 418 aa  182  9.000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.321587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3023  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 351 aa  174  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0144  LysR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287831 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3466  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 306 aa  173  3.9999999999999995e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2639  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 314 aa  172  9e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1666  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.883412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1043  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 316 aa  169  5e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.805531  normal  0.622996 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0682  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 314 aa  161  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.670623 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2653  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 282 aa  158  1e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2609  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 282 aa  158  1e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.424876  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4264  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.46776 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1177  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 304 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1878  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 304 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1724  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 304 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2155  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 304 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0891  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 304 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0275  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 339 aa  146  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0367  transcriptional regulator  29.15 
 
 		 339 aa  146  6e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3260  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.444883 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2950  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.954303 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0370  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.825103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2434  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4286  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 314 aa  142  9e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.255291  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2919  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2937  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 305 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2117  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.052237  normal  0.387945 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3404  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 306 aa  142  9.999999999999999e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6279  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.853618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06400  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.369757  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2863  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.97885  normal  0.374459 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2773  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 305 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0594  putative transcriptional regulator  30.58 
 
 		 305 aa  138  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0131  LysR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 307 aa  138  2e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2723  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.34 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.63808  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5544  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.899335 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2787  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 302 aa  134  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3422  transcriptional regulator, LysR family  28.97 
 
 		 302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.670057  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2482  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 304 aa  132  7.999999999999999e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4576  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 306 aa  132  7.999999999999999e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00764055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5863  Transcriptional regulator  27.8 
 
 		 299 aa  129  4.0000000000000003e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3722  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 302 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.791841 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0004  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0613  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 304 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.723423  normal  0.0745761 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2386  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.600972  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0362  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 301 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5762  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 302 aa  124  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1049  regulatory protein, LysR  30.2 
 
 		 340 aa  123  3e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.97331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1032  regulatory protein, LysR  30.2 
 
 		 340 aa  123  3e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.205894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6877  LysR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 303 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00333215  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0147  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 312 aa  119  9e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951871  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2418  transcriptional regulator, LysR family  28.09 
 
 		 312 aa  118  9.999999999999999e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5839  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3648  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 307 aa  115  6.9999999999999995e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3310  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 311 aa  115  6.9999999999999995e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.637496  normal  0.0770151 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0048  transcriptional regulator, LysR family  30.89 
 
 		 298 aa  115  6.9999999999999995e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.968768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0963  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 294 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 296 aa  115  8.999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  31.28 
 
 		 295 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  31.02 
 
 		 299 aa  113  4.0000000000000004e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0687  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 328 aa  112  9e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.730291 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3185  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.377934  normal  0.982451 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1778  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 289 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000761412  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1757  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 289 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1735  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 289 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.173814  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 300 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1916  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 289 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0657607  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2000  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 289 aa  110  3e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.504431  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 300 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1691  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 293 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1621  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 293 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.358841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2919  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 290 aa  110  5e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.226862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 298 aa  109  5e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 305 aa  109  5e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>