More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1032 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_1049  regulatory protein, LysR  100 
 
 		 340 aa  683    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.97331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1032  regulatory protein, LysR  100 
 
 		 340 aa  683    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.205894  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2962  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 301 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.478402  normal  0.502508 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2055  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 302 aa  127  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.505103  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2574  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3143  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 317 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3293  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 313 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2385  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 313 aa  116  6.9999999999999995e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2573  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0441  LysR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4934  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 304 aa  114  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6995  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 309 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0324975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02660  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.319663  normal  0.331966 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0303  putative transcriptional regulator  28.09 
 
 		 306 aa  113  5e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7083  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 309 aa  113  6e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.074768 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6420  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 307 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.83075  normal  0.614202 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5671  LysR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.840206  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5408  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 307 aa  108  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.133517  normal  0.0100846 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2369  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 308 aa  106  6e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3467  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 308 aa  106  6e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.39067 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3374  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 308 aa  106  6e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0798334 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0382  transcriptional regulator, LysR family  32.93 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6041  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0756462  hitchhiker  0.00133745 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.05 
 
 		 301 aa  98.2  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.419671  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3225  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 315 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.996696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.72 
 
 		 302 aa  95.9  9e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.72 
 
 		 302 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.72 
 
 		 302 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  31.72 
 
 		 302 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.72 
 
 		 302 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.72 
 
 		 302 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.72 
 
 		 302 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 		 302 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1043  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 316 aa  95.1  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.805531  normal  0.622996 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.72 
 
 		 302 aa  95.1  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3023  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 351 aa  92.4  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4286  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 314 aa  92  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.255291  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3454  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 418 aa  92  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.321587  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0147  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 312 aa  91.3  2e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951871  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2418  transcriptional regulator, LysR family  31.55 
 
 		 312 aa  91.7  2e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4632  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 301 aa  89.4  8e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 307 aa  89.4  9e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0498  transcriptional regulator, LysR family  27 
 
 		 292 aa  88.2  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2639  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 314 aa  86.7  5e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4974  transcriptional regulator, LysR family  31.37 
 
 		 301 aa  87  5e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19467  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6028  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 300 aa  86.7  5e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.171858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  30.26 
 
 		 294 aa  86.3  6e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6279  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 305 aa  86.7  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.853618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2950  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 305 aa  86.7  6e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.954303 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3664  transcriptional regulator, LysR family  33.2 
 
 		 308 aa  86.3  8e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  29.27 
 
 		 301 aa  86.3  8e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2030  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 303 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3116  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 298 aa  85.9  8e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.341096  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4609  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 289 aa  85.9  9e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.461419 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  34.68 
 
 		 290 aa  85.5  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2653  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 282 aa  85.1  0.000000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0324  LysR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 318 aa  85.1  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0489134 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2609  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 282 aa  85.1  0.000000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.424876  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1171  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 325 aa  85.1  0.000000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6670  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 311 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.128722  normal  0.169753 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3404  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 306 aa  84.3  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0370  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 305 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.825103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3466  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 306 aa  84.3  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 297 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0216  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  84.3  0.000000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 317 aa  84  0.000000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5151  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 302 aa  84  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.606064  normal  0.58822 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3187  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1735  LysR family transcriptional regulator  22.63 
 
 		 289 aa  83.6  0.000000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.173814  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1145  transcriptional regulator CysB-like protein  26.39 
 
 		 308 aa  83.6  0.000000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.207377  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2787  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 302 aa  83.6  0.000000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0665  putative transcriptional regulator OxyR  35.14 
 
 		 301 aa  83.2  0.000000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 295 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 295 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1878  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 304 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0891  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 304 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3737  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 299 aa  82.8  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4814  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 299 aa  82.8  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1724  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 304 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2155  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 304 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0341  transcriptional regulator CysB  29.54 
 
 		 333 aa  82.8  0.000000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.136754  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1177  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 304 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2000  LysR family transcriptional regulator  22.63 
 
 		 289 aa  82.8  0.000000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.504431  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5353  LysR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 307 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.532482 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2937  transcriptional regulator, LysR family  29.6 
 
 		 305 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0377  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 321 aa  82.4  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.34254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4576  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 306 aa  82  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00764055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5544  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 301 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.899335 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0367  transcriptional regulator  30.71 
 
 		 339 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 296 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2334  LysR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 322 aa  82  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.618914 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0704  LysR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 338 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.271413  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4831  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 307 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.496731  normal  0.988121 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1013  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 321 aa  82  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3260  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 305 aa  82  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.444883 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 307 aa  82.4  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0275  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 339 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0357  transcriptional regulator  37.41 
 
 		 286 aa  81.3  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.449267  unclonable  0.0000000664485 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>