More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3454 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3454  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 418 aa  847    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.321587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3225  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 315 aa  278  1e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.996696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3023  LysR family transcriptional regulator  45.82 
 
 		 351 aa  245  9e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2385  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 313 aa  211  2e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6041  LysR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 308 aa  204  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0756462  hitchhiker  0.00133745 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2369  transcriptional regulator, LysR family  38.87 
 
 		 308 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3467  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 308 aa  196  8.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.39067 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2055  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  185  1.0000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.505103  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7083  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 309 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.074768 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6995  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 309 aa  182  7e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0324975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3293  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 313 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6420  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 307 aa  182  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.83075  normal  0.614202 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2574  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3143  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 317 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5671  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 309 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.840206  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2962  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 301 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.478402  normal  0.502508 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2573  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 320 aa  177  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02660  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 306 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.319663  normal  0.331966 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0303  putative transcriptional regulator  36 
 
 		 306 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5408  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 307 aa  176  8e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.133517  normal  0.0100846 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0382  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 302 aa  175  1.9999999999999998e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3374  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 308 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0798334 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1171  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 325 aa  169  7e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3466  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 306 aa  166  6.9999999999999995e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0441  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 307 aa  163  5.0000000000000005e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.93 
 
 		 301 aa  160  5e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.419671  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0144  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 296 aa  159  7e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287831 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4934  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 304 aa  159  7e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1043  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 316 aa  159  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.805531  normal  0.622996 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2639  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 314 aa  156  6e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2609  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 282 aa  154  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.424876  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2653  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 282 aa  154  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1666  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 302 aa  146  5e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.883412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4286  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 314 aa  146  5e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.255291  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0682  LysR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.670623 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 304 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4264  transcriptional regulator, LysR family  32.42 
 
 		 306 aa  118  1.9999999999999998e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.46776 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3404  LysR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 306 aa  117  3e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3722  transcriptional regulator, LysR family  28.18 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.791841 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2787  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 302 aa  114  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0275  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 339 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3422  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 302 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.670057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0367  transcriptional regulator  29.27 
 
 		 339 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3310  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 311 aa  111  3e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.637496  normal  0.0770151 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2950  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 305 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.954303 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1878  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 304 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1724  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 304 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0891  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 304 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1177  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 304 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2155  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 304 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 343 aa  110  5e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0613  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 304 aa  108  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.723423  normal  0.0745761 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3648  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 307 aa  107  5e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6279  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 305 aa  107  5e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.853618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 317 aa  107  5e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0370  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 305 aa  106  6e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.825103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0362  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 301 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2937  transcriptional regulator, LysR family  29.64 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4576  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 306 aa  105  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00764055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 320 aa  105  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2434  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 301 aa  104  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  30.17 
 
 		 296 aa  105  2e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06400  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 308 aa  105  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.369757  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 308 aa  104  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2723  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.25 
 
 		 305 aa  103  5e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.63808  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1916  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 293 aa  103  7e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2773  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 305 aa  103  8e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0594  putative transcriptional regulator  28.93 
 
 		 305 aa  102  9e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1621  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 293 aa  102  9e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.358841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1691  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 293 aa  102  9e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 302 aa  102  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2919  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 305 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 316 aa  102  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1696  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 293 aa  102  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2863  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 305 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.97885  normal  0.374459 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3380  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 		 299 aa  102  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.213081  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3176  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 304 aa  101  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5762  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 302 aa  102  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5839  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 311 aa  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6877  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 303 aa  101  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00333215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1440  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 296 aa  100  4e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3443  transcriptional regulator CysB  29.63 
 
 		 324 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0457028  hitchhiker  0.00255719 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2117  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 305 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.052237  normal  0.387945 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2327  transcriptional regulator CysB  29.63 
 
 		 324 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.184075  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1928  transcriptional regulator CysB  29.63 
 
 		 324 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0221409  hitchhiker  0.0000000000199307 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1730  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 293 aa  100  5e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3260  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 305 aa  99.8  9e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.444883 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1844  transcriptional regulator CysB  29.18 
 
 		 324 aa  99.8  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00679598 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.17 
 
 		 305 aa  99.4  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.17 
 
 		 305 aa  99.4  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1434  transcriptional regulator CysB  29.18 
 
 		 324 aa  99.4  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00237388  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.17 
 
 		 305 aa  99  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.17 
 
 		 305 aa  99.4  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.17 
 
 		 305 aa  99.4  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1902  transcriptional regulator CysB  29.18 
 
 		 324 aa  99.4  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.834508  hitchhiker  4.2824e-16 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1840  transcriptional regulator CysB  28.79 
 
 		 324 aa  99  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000484032 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.17 
 
 		 305 aa  99.4  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 318 aa  99.4  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.74 
 
 		 300 aa  98.6  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>